（最新的小说章节更新_，更新及时）郑龙桢找过杨宁之后，第二日，自己的宝贝儿子便真的回到了家中，除了精神有些恍惚、脸色有些苍白、有几处淤青之外，竟是从以阴暗残酷著称天下的东厂大牢安然无恙走了出来，这让郑龙桢惊魂未定的惊喜之余，对杨宁充满了感激，但却怎么也想不通位高权重、名震天下的东厂年轻厂督会不要好处而轻易放过了自己儿子。（最新的小说章节更新_，更新及时）
随着郑钰一案的审结，东厂所有的案件也全都被审理了一遍，除了那些需要时间求证的，东厂所有案件之中，可以确定其中一大半都存在冤假错案等情况，随之杨宁也又处理了一大批与这些冤案有涉的东厂人员。
在东厂人员的彻底清查中，整个东厂身家清白的几乎没有几个，尽管杨宁只是下令处理了那些为恶多端、性质恶劣的档头番子，但还是造成了东厂运转机构的支离破碎，有的部负责一省侦缉的人员几乎剩不下几个，一时整个东厂上上下下陷入了短暂的混乱之中。\
不过幸好，这样混乱的状况并没有持续多久，因为刘守友从锦衣卫中选拔的年轻锦衣校尉和缇骑被迅速补充进东厂，并在向忠和张为年等人的努力下分配到位，且以原来由大内侍卫转进东厂的侍卫及从这批新进锦衣卫中提拔的武功高强、头脑灵活的年轻骨干为基础，形成了整个东厂新的架构，局面迅速稳定下来，新的队伍年轻而纯净、热血而高效，更在杨宁的亲自训话与鼓动下，人人都充满了建功立业的十足干劲。\
在人员调整的同时，杨宁自然也同时进行了筹划已久的东厂组织机构和职能的彻底调整，他的原则便是“不改则已、改即大改”。
东厂仍分京城总部与内外十二分部，只是这十二分部不再以十二天干地支命名，而是采用了杨宁所起的新的名字，也不再称“部”，而称“司”，内四司分别称：青龙司、白虎司、朱雀司、玄武司；外八司则是按其负责区域分别称：直隶司、东北司、西北司、中原司、华东司、华南司、两广司、西南司。
十二司受东厂掌作全权掌控，每司一个负责人，称“司长”，内部分行动小队，为首者不再称为“役长”或“档头”，而称“队长”，其他人也不再称“番役”或“番子”，而称“队员”。\
杨宁如此做自然也是颇具苦心的，他要从称呼上、观念上，彻底让天下百姓忘记东厂档头、番子的不光彩历史，从此展现在世人面前的，是一个上上下下、从组织机构到形象职能、焕然一新的东厂！
各司的负责人，几乎有一半是由与张为年一起进东厂的、武功高强、头脑灵活、对杨宁忠心耿耿的大内侍卫担任，其它一半也全都是由原来东厂里为人正直、能力高强的档头及从新进锦衣卫人员中层层选拔出来的优秀者担任；而各小队队长，也全都经过选拔与考核，任职者人品、头脑、能力全都非同凡俗。\
内四司作为东厂的精锐侦缉力量，优先挑选锦衣卫人员进入、优先培养及训练。其中，青龙司与白虎司坐镇京城顺天府、作为大明北方区的东厂机动力量；而朱雀司与玄武司则坐镇南京应天府，作为大明整个南方区的精锐机动力量。
外八司的设置和负责区域，则是对应了朝廷当今两京十三布政使司的行政区划：
直隶司分南北两部分，分别负责北直隶与南直隶；
东北司设在山海关内永平府，司职山海关内外一切侦缉、情报事宜，重点在于对朵颜三卫、北元政权、东北女真部落地域、甚至远涉朝国的防卫与渗透、情报获取；
西北司司职山西、陕西一切侦缉、情报事宜，重点在于对北方土默特部、土哱罗部、以及更西北的瓦剌后裔诸部的防卫与渗透、情报获取；
中原司司职河南、湖广、江西、贵州一切侦缉、情报事宜；华东司司职山东全境及沿海一切侦缉、情报事宜；
华南司司职浙江、福建及两省沿海的一切侦缉、情报事宜，重点是对倭寇残余、其它所有海盗的防卫与渗透、情报获取等；
两广司司职广东、广西两省及南部沿海一切侦缉、情报事宜，重点也是来自南洋方向的外事等情报；