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相对易守难攻的“天保城”，野战中北洋军有更大的胜算，冯国璋把皖军的战术给copy了过来，在前往南京的路上构筑沟垒，层次阻击，从山下冲下来的皖军，当他们撕开一道道敌军防线奔向南京城时，部队是越打越小，伤员是越打越多。
面对数倍北洋军的包围，叶盛祥对北洋军发起了最后一次冲击。
当冯国璋听到下山皖军被围歼的时候，眉宇间才稍显舒展。
“天保城”此时守军不到二个连，冯国璋把攻取“天保城”这个艰巨而光荣的任务交给了第3师，经过4小时的苦战，冯国璋终于夺下了“天保城”，南京城中革命党人的一举一动全在他的视野之中。
对冯国璋来说，再加一把劲，胜利便可唾手可得，南京形势顿时险恶起来。
大胜关北洋军面对着皖军的东西对进，困守死地的险境，在海军的配合下，大胜关阻击部队主动撤出战斗。
这一举动严重违背了冯国璋要求死守大胜关，直至最后一个人的命令。
“大帅，再拼就全拼光了，给咱们团留一点种子吧。”
冯玉璋看着驻守大胜关的二团官兵此时上到军官，下到士兵个个身上带伤，眼巴巴的看着冯玉璋，3200多人打的只剩下一个营了。冯玉璋转过身挥了挥手，“都下去休息吧。”
“大帅。”
打通安徽与南京的交通线的皖军继续向着南京前进，柏文蔚护送宋教仁等人安全到达了芜湖。
张四维第10师先头部队到达南京之时，正赶上南京城内最惨烈的巷战。
9月12日，何海鸣和韩恢在新编第三军司令部召开军事会议，何海鸣主持决定以攻代守兵出四路，即1师王宪章部出雨花台，攻紫金山；新编5师钱通出朝阳门，1师与敌接仗时，出而合攻；8师出太平门，突出天保城；新编6师出仪凤门，攻击幕府山。是时1师迟迟没有行动，5师至朝阳门，敌人炮火猛烈，不能出城。原定4路进攻计划完全落空。
9月13日早晨，北洋军对南京城发起总攻击。
北洋军利用地道将朝阳门城垣轰崩两丈有余，蜂拥而入。太平门被北军用猛烈炮火击穿，北军冲入城内，分别占领了富贵山和骆驼山；通济门、神策门也被北洋军攻破，大批北洋军涌入南京城内。
9月13日冯国章致电袁世凯已全线占领南京。
9月14日袁世凯通电敦促安徽杨洪森接受中央政府招安，并开出了六点和平方案。其中：安徽宣布取消独立，解散社会人民党，杨洪森下野，皖军进入就地裁撤接受陆军部整编。另外，杨洪森在皖个人财产将给予保护，中央另将委以重任安排其到国外考察。
袁世凯又被下面的将领的蒙骗了以至于做出错误的判断。袁世凯要通过和平方案他向国人表明一种态度，即：他袁世凯是不想打仗的，目前这种局面的根本是国民党孙中山和社会人民党杨洪森叛乱造成，不过他是宽宏大量的，只要杨洪森在时间内投降。
中央到地方，甚至国外报纸对北洋政府和平制造舆论。
9月15日社会人民党新闻发言人安惠民在上海召开记者会回应北京的和平。
“……对于和平我们表示欢迎，但和平谈判的前提在共和、民主的前提下……”安惠民宣读声明后向各方记者提供最新的战报“……南昌还在战争，南京并未被攻陷，各位对此可以进行核实……。”
记者招待会的时间为二十分钟，记者会结束后安惠民直接躲进了下榻的酒店。
南昌还在战，南京并未攻陷，外国记者通过南昌、南京的各国领使馆，了解到这两座城市还在激烈的交战之中，尤其是在南昌，皖军占着另一半，南京很多建筑物都控制在南军手中，两处的战斗打的火热，没有丝毫结束迹象。
南京城被攻破后，除了很少一部分人外，大部分革命者的士气都已经瓦解了，根本无法组织起有效的反击，导致南京战火一直未灭原因正是北洋军自己造成的。