志村团藏胆怯迟疑不定，一时没鼓起勇气站出来，而猿飞日斩却是表现出了能为村子舍去性命的决心。
因此，扉间将三代火影之位指定给了猿飞日斩后决定亲自掩护众人撤退，让木叶年轻一代最杰出的几人能安全的活着回到村子。
之后扉间一人独自抵挡拥有九尾查克拉和六道忍具的金角银角两兄弟以及大量的云隐精英忍者。
最终扉间战死......
云隐的追击部队除金角一人重伤逃跑外其余全灭！
然而金角也没能活多久，很快就被新继任的三代雷影追上并击杀！
在木叶和云隐在前线打的如火如荼的时候，岩隐和雾影认为有机可乘，在二代土影无和二代水影鬼灯幻月的带领下，双方一拥而上！
不约而同的跑到木叶村趁火打劫，然而这两人却因为抢夺战利品大打出手。
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二代土影无和二代水影鬼灯幻月很早就有仇怨，很多年前就曾有过激烈交手，二代土影无全身皮肤被灼伤，从此身上缠满了绷带。
鬼灯幻月也因为使用查克拉过度而昏迷，从而错过了第一次五影大会给初代水影当护卫的机会。
这一次两人在木叶相遇，更是仇人相见分外眼红，直接打到同归于尽！
至此！
第一次忍界大战的第二阶段结束。
除风影外五大国二代影直接战死四个，第二阶段的战斗沙隐并没有参与，而是呆在村子潜心研究一尾守鹤，希望可以把一尾守鹤纳入稳定的战力。
由于金角银角兄弟在木叶和云隐的结盟大会上杀死了二代雷影，结盟并未完成，并导致了二代火影千手扉间直接战死。
所以第三阶段的战斗还是木叶和云隐单挑！
猿飞日斩当时资历和年龄都坐不稳三代火影的位置，因此去求助了漩涡水户，然而漩涡水户感知到他心中的善恶后直接表示她只坐镇木叶，不干涉外政！
之后猿飞日斩另辟蹊径，找上了刚毕业不久的纲手，将她收为弟子，但又怕别人说他闲话，同时又收了自来也和天赋出众的大蛇丸作为弟子！
至于漩涡岚......漩涡岚知道猿飞日斩是想拉上千手一族当援兵，但是纲手已经行了拜师礼，漩涡岚也没办法......
当猿飞日斩找上门的时候，漩涡岚直接就拎着扫帚把猿飞日斩撵了出去......
有了几位好友和千手一族的站台后猿飞日斩渐渐坐稳的火影的位子。
扫清了残留的岩隐和雾隐后，在猿飞日斩的带领下木叶再次攻向了云隐！
由于千手扉间在掩护众人撤退的时候干掉了大量的云隐精英忍者，云隐实力大损，并不是木叶的对手。
木叶取得了第一次忍界大战的最终胜利，五大国再次签订和平条约，忍界再次进入了和平时期！
可是由于这一次的大战，五大国之间停止了互相交流，原本可以和平共处的五大国从此结下了仇怨。
由于千手一族出过两代影，族人十分在意荣耀，打起仗来悍不畏死，这也导致了大量千手族人战死！
志村团藏在猿飞日斩的默许下，以暗部培训部的名义建立了根部，专门为村子干一些见不得光的事情。
不久之后，宇智波镜失踪，秋道取风退出木叶管理层，转寝小春和水户门炎担任了猿飞日斩的高级顾问。
此后，木叶在三代火影的带领下开始走向鼎盛时期，闲下来的忍者们再次不约而同的生儿育女......
日足日差兄弟、宇智波富岳、山中亥一、秋道丁座、奈良鹿久、波风水门、千手绳树等人都在这段时间出生。
当然，别的村子也没有闲着，厉兵秣马，励精图治，准备着下一次大战.....。