子铭和众人在船上呆了一会，粉鱼打了个哈欠说“哈，到底什么时候才到真新镇啊。”子铭看了看地图说“快了，应该还要行驶半个小时，不过也快到了。”香橙拿出一杯冰淇淋开始吃了起来，子铭粉鱼说“香橙，别吃这么多冰淇淋，你忘了你上次在厕所拉了多久吗？”香橙一边吃一边说“没事没事，反正闲着也是闲着，我吃完后，我们把那些落下的课程给补上。”粉鱼一听立马跑开了“我才不要呢！我才不要复习！”而香橙则是抱着冰淇淋追了上去。子铭摇摇头说“可怜的粉鱼。”羽翼灵纱在船上看着沿途的海景，又看看手上的翼之石，心想希望可以早点回家，我现在，已经有能力保护自己的家人了。这时，她感觉有谁在注视着自己，一转头发现，只有一道黑影闪过，她自言自语道说“是我看错了吗？”这时，船舱里，沙奈朵问跑回来的艾路雷朵“找到安安了吗？”艾路雷朵摇摇头说“没有，但是那个训练家多了一个很奇怪的口袋妖怪，跟姐姐你差不多，但是看样子是飞行系的。”这时，身为母亲的沙奈朵哭着说“那个孩子真的不在船上吗？”沙奈朵扶起母亲，说“没事的妈妈，我们会找到她的，一定会。”
过了一会，子铭发现周围的景色变得熟悉起来肯泰罗在和主人耕地，小火马在帮忙拉车，子铭惊喜的站了起来“到了！我们到真新镇了！”香橙一听，兴奋的跳了起来“终于到了！我终于可以见到大木博士了！”过了一会，船停了，大家拿上行李下船，羽翼灵纱在下船的时候发现两个黑影从船上跳进了树林里，说“怪了，那两个黑影怎么这么眼熟？”抱着这样的疑问，羽翼灵纱跑下了船，向着出现黑影的树林那里飞了过去。
“我回来了！”子铭推开家门，但是里面一个人有没有，“奇怪了，家里怎么这么安静？”子铭走进家门，这时一个人在背后拿水枪射了子铭的后脑勺，子铭一个激灵掏出精灵球说“别动！”但是老妈捂着嘴笑着拿着水枪走了出来“小子，这么久不回家还不准老妈开个玩笑啊？”而对于老妈的恶作剧，子铭只要一笑而过了。
这时，香橙和粉鱼来到了大木研究所，粉鱼推开门，说“打扰了。”但是回应她们的，是很大的吵杂声，香橙警觉的说“不对，有情况！”然后立马跑向大厅，但是眼前的一幕让她愣住了子铭收服的伊布让大木博士他们忙的不可开交，月精灵刚刚安抚好一只伊布，另一只伊布又吵了起来。好一会，才把全部六只伊布给安抚好了，大木博士说“真是够闹腾的。”但是没等大木博士反应过来，香橙就迫不及待的喊了一声“大木博士好！”香橙这一声直接把大木博士他们刚刚安抚好的伊布给吓到了了，于是，房间里面的伊布们又开始闹腾了起来。大木博士和小建瘫倒在地上“不是吧，又要来啊。”香橙不好意思的说“抱歉，我真的，有点兴奋过头了。”
这会，子铭来到了口袋妖怪中心“大木博士，好久不见了。”这时，月精灵和伊布们，一看见子铭就冲了上去和子铭亲热起来。子铭抱着月精灵说“好了好了，我知道你想我，还有其他的伊布们。”月精灵兴奋的跳了起来。
过了一会，伊布们在月精灵的带头下整整齐齐的坐在地上，大木博士说“唉，终于安静了。”子铭说“抱歉啊，我其实，也不想收服这么多伊布的。”小建说“算了算了，对了子铭，我记得之前你好像，从我这里拿走了七只口袋妖怪吧？你身上的口袋妖怪有皮卡丘，穿着熊，沙漠蜻蜓，梦妖魔，达克莱伊，沙奈朵，还有克雷色利亚，你是怎么做到一次带七只口袋妖怪出门的？”子铭尴尬的笑了“其实，那只克雷色利亚不是我的，是一个人要我代为保管的。”子铭心想要是我说那是从未来来的小鬼的口袋妖怪你们会信吗？这时，电击魔兽从发动机房走了出来说“克里克里（发电机电量充满了）”大木博士说“哦，那谢谢你了电击魔兽。”子铭说“好久不见了，电击魔兽。”电击魔兽说“克里克里。（好久不见，我先走了，有事再找我。）”说完，走到后院去打盹了。
“对了博士，你知道奇迹进化吗？”子铭兴奋的问，大木博士说“我是听说过奇迹进化的传闻，但是我觉得那应该是某些人的恶作剧吧。”子铭兴奋的说“那不是恶作剧！我这，就有一只奇迹进化的口袋妖怪！”大木博士一听，立马也开始兴奋了起来，说“哦！是吗？它在哪？”子铭说“应该在后院，我叫她过来。”说着，跑进后院，大喊了一声“羽翼灵纱！！”
但是大伙却当做看傻子一样看向子铭，弄得子铭好不尴尬，大木博士说“别喊了，你带来的只要五只口袋妖怪，已经在训练了。”子铭说“不太可能吧，我记得她应该跟住我的啊。”话刚说完，羽翼灵纱从天而降把子铭压在了身下，只见她摸了摸眼角的泪水，说“还是要好好练习飞行。”突然，大木博士和小建大吃一惊“哇！这是什么口袋妖怪啊！”这一叫把羽翼灵纱吓了一跳，羽翼灵纱说“什么情况？”子铭站起来说“博士，这位是羽翼灵纱，是沙奈朵奇迹进化后的样子，羽翼灵纱，这位就是我说过的大木博士了。”
羽翼灵纱伤感的说“知道了，博士好。”说完，走进了大木研究所坐了下来，然后趴在桌面上哭了。子铭感觉莫名其妙的，说“怎么了羽翼灵纱，好端端的怎么哭了？”羽翼灵纱说“我，我看到他们了。”子铭仍然感觉莫名其妙的。香橙问“怎么了？哭成这样？有人欺负你吗？羽翼灵纱？”子铭说“她说看到她们了。她看到谁了？”羽翼灵纱擦了擦眼泪“我看到妈妈她们了。”这一下可把子铭他们吓得不轻，子铭吃惊的说“你的家人！？在关东！？这怎么可能！？”羽翼灵纱说“真的，我看到他们从船上下来了。”粉鱼说“船？你说的是我家的游艇吧，我记得游艇上面是会时不时混进来几个口袋妖怪，但是都被送去口袋妖怪中心接管了。”子铭说“那这应该是好事啊，你为什么哭成这样？”羽翼灵纱刚刚要说，只听不远处的常磐森林传来爆炸声，众人被吸引了过去，只见一架飞机下面拖着一个笼子飞走了，而笼子里面，是两只昏迷的沙奈朵。羽翼灵纱看见了，说“姐姐，妈妈！”粉鱼吃惊的说“那是你家人！？”子铭说“看来那些家伙有点问题。走，我们去救你的家人。”但是羽翼灵纱却坐下来说“不必了，我刚刚去找过他们了，但是他们说，不要我这样的女儿。”子铭愣住了，粉鱼说“应该是看到了你还是沙奈朵和我们相处的时候的事情。”子铭这下明白了，为什么羽翼灵纱刚才哭的这么伤心了。但是他拉起羽翼灵纱，说“你被家人误会，但是这不重要！要知道！永远的失去家人才是最恐怖的！”羽翼灵纱看着子铭，子铭说“你的家人误会你也好，排斥你也罢！但是至少可以见到他们一面，但是你要是对你的家人见死不救！那么！你会后悔一辈子！”羽翼灵纱看着子铭的眼睛，擦了擦眼泪，说“嗯，我们去救她们！”说着，和子铭一同前往常磐森林。
与此同时，艾路雷朵在三只黑鲁加的围攻之下，体力已经逐渐不止，而那些火箭队却借着各种各样的药品，让黑鲁加一只活跃着，艾路雷朵看着远处的飞机，根本无能为力，“结束了，黑鲁加！喷射火焰！”随着火箭队队员的指令，三只黑鲁加放出喷射火焰，而艾路雷朵能做到的，只有闭上眼睛，心里默念对不起，妈妈，姐姐。而他却没有感到喷射火焰向着自己发射过来，睁开眼一看羽翼灵纱举着空气切割盾牌挡在了自己的面前。他说“你回来做什么？”羽翼灵纱说“因为我们是家人，一家人！”说着，用背后的翅膀再次释放出空气切割，直接击倒了两只黑鲁加。那三个火箭队成员说“多管闲事，不过既然是稀有的口袋妖怪，那么麻烦你和我们一起走吧。”