石头城是建康西北的门户，如今门户先丢了，建康随即陷入重大的危机。
虽然司马睿紧急下令让刁协等人奋力争回石头，但终于无济于事，建康很快也被攻陷，整场战争基本没用多久就结束了。
就像北方的洛阳和长安，建康也遭到了士兵们的抢掠，当然相比北方而言，这些抢掠温和多了，而且王敦特别吩咐不许接近皇宫和太子宫。
但太子司马绍仍旧十分愤慨，亲自驱动战车就要上阵杀敌。太子宫的高级助理官温峤吓坏了，连连劝阻他：“殿下是帝国储君，为了天下，怎么可以把自己看得这么轻！”司马绍血气方刚，执意要出动，温峤只得抽出佩剑砍断了缰绳才算停止。
皇宫的司马睿则心灰意冷地脱下铠甲，换上了平时穿的黄袍，看着宫外茫然地说道：“想要得到这个位置，就早一点说出来，何必把人民害到如此地步。”接着派人劝王敦：“阁下如果仍不忘国家，请从此停止战斗，天下还可以共同治理，如果不愿这样，我就回到我的封国琅邪，让出贤才上进之路。”
石头城里的王敦看到司马睿的书信，得意之情溢于言表，但并没有做任何回复。
很快战败的刁协和刘隗逃进皇宫，君臣三人抱头痛哭，司马睿劝他们趁着还来得及，赶紧外出逃命去吧，认为自己终究是一国之君，应该不会有生命危险。于是刘隗匆匆逃往后赵，后来出任太子师傅，并在任上死去，刁协则在逃亡途中被杀，人头送到王敦处。
这时候宫里已没多少官员，司马睿让他们一同去晋见王敦，不想再做无意义的抵抗。
王敦煞有介事地问戴渊：”我今天的这个举动，天下人会有什么看法？”
戴渊则不假思索地回说：“仅在外表来看，估计都会说你叛逆，但如果从内心探讨，时间一久，自然也会肯定你的忠心。”
王敦很高兴，接着又对周顗说：“伯仁，你可对不起我！”因为当初周顗被杜弢打得十分狼狈，若不是王敦发兵相助，可能已经挂了。
但周顗显然并不领情，战争虽败，气势不能败，趾高气扬地说说：“阁下驱动战车，冒犯皇家，我亲率六军不能阻止，反而使皇家部队失败，因此对不起你。”
王敦了解他的臭脾气，而且还要用他稳定朝政，于是也没发作，尴尬地笑笑就算了。
接着王敦见了弟弟王导，二人更是有说不完的话，王敦此时仍不忘嘲讽地跟他说：“当初我就说找个年轻点的娃娃当皇帝，结果你非要立一个四十多岁的家伙，结果几乎让我们王家全族都被屠杀。”王导只能默然，内心悲愤之极。
当然此时仍不算晚，王敦的计划是先把太子废掉，然后把司马睿毒死，之后再另立一个小娃娃当皇帝，自己一手辅政，等过个一年半载再实行禅让，大功就此告成。
可是太子不能无缘无故废掉，为了堵住天下人的悠悠之口，必须要找个恰当的理由。
魏晋时期尤其讲究孝道，于是王敦想诬陷太子司马绍不孝，以此把他废黜，。为了以策万全，他找到了温峤，问太子有没有什么可以称道的品德，结果温峤说的太子特别好，智勇双全，文武兼备，尤其对司马睿十分孝顺。