皇权新旧交替的时候，最大的问题当然还是新领导班子之间的矛盾。
395年下半年，因为慕容垂刚死不久，后燕整体局势还算稳定，混乱在第二年正式爆发。
慕容垂的嫡长子慕容令，早在前秦时代就被王猛设计害死了，他和慕容宝都是已故段皇后的儿子，但慕容垂却更喜欢其他姬妾生的儿子，尤其以高阳王慕容隆和辽西王慕容农最得其欢心。
慕容宝刚被立为太子时，还有些自知之明，清楚自己的实力，一直谨小慎微，生怕落人口实，虽没有良好声誉，但官民们也挑不出什么毛病来，可是时间一长，慕容宝的位置已经稳固，渐渐现出原型，无论宫廷还是朝廷都对他非常失望。
小段皇后曾向慕容垂建议说：“太子如果生在太平盛世，足可以成为一个守成的君主，而今国家举步难艰，他恐怕不是济世之才，辽西王和高阳王两位亲王，都是陛下最贤能的儿子，最好在他们兄弟之中，遴选一人，把国家大业托付给他，赵王为人奸诈，且有背叛父兄的前科，和平时期或许仍能为国效力，但凡出现一丝混乱，必将成为国家的灾难，应该早日除掉。”
慕容垂倒真的听进去了，暗中开始谋划。
而慕容宝听闻这一消息，赶紧对慕容垂左右的侍从人员，进行好一番巴结拉拢，以致慕容垂听到的都是对慕容宝有利的评价，于是又认定这个太子聪明干练，所以当小段后再度提起此事，慕容垂半开玩笑地说：“爱妃你这是打算让我当姬诡诸啊。”
当年晋献公听信了妃妾骊姬的谗言，误杀太子姬申生。
小段后顿感悲愤不已，找到妹妹诉苦：“太子既无才，又无德，天下人都知道，我为了国家的前途，直言相谏，主上竟把我当成骊姬，我这是何苦！我看太子一定会丧失国家，而范阳王器宇不凡，如果燕国的福气还没有尽，莫非在范阳王身上。”
范阳王慕容德是小段后的妹夫。
慕容宝和慕容麟听到这些话，都对小段后怀恨在心，直到慕容宝登极称帝，慕容宝特意让慕容麟去当面挖苦她：“你常说主上守不住祖先的大业，现在守住守不住？你最好早日自裁，才能保住你们段家全族的性命！”
小段后怒道：“你们兄弟都敢逼杀继母，还谈什么守住守不住祖先大业！我岂是贪生怕死之人，只是忧虑国家不久就要灭亡！”说完撞墙自尽。
慕容麟吓得不轻，回去把经过报告给慕容宝，慕容宝虽也忍不住心跳加速，但毕竟是除掉了多年的仇敌。
几天后，慕容宝恨意又涌了上来，宣扬小段后阴谋废除嫡子正统，失去做母亲和皇后的立场，甚至不准备为她举行丧礼。
文武官员们多是见风使舵之人，纷纷表示赞成，只有立法院总立法长眭邃在金殿朝会时，提出了异议：“做儿子的，大义上不可废黜母亲，东汉王朝安思皇后阎氏，亲手把太子刘保贬成亲王，死后的牌位仍然进入皇家祭庙，共享香火，何况先皇后不过只是说了几句含糊不清的话，怎么能受此重罚。”
慕容麟私下里也劝慕容宝不要做得太绝了，慕容宝几经纠结才允许举行丧礼。
经过这么一闹，后燕朝野上下都对慕容宝心生怨恨，父亲刚死就开始找母亲的麻烦，就算是一个平民百姓，这么做都是丧尽天良的，更何况是君主。
但慕容宝却丝毫意识不到漫天的民愤，仍然我行我素，接下来更是为了一己私欲，而站到了所有士大夫的对立面。
6月，慕容宝下令划分知识分子、在职官员和离职仕绅的户籍，分别归入高阶层和低阶层，进行严格校正，并撤销军营包庇的户口，一律交还郡县政府。