404年3月5日，滞留在建康的楚国宰相王谧，果真是个识时务的俊杰，发现桓玄已经靠不住了，立刻转投刘裕的怀抱，率先提出推举刘裕为京畿卫戍总司令。
刘裕心里暗爽，但当然要表示拒绝了，这样才能显示谦逊的品质，不但坚决拒绝，还反过来任命王谧为高级咨询官、宰相、京畿卫戍总司令，主管朝廷机要。
王谧也谦让了一番，但谦逊的美名一定要留给刘裕，所以坦然接受了任命，然后推举刘裕使持节、扬徐兖豫青冀幽并八州军区司令长官、徐州督导官，然后按照刘裕的意思，擢升刘毅为青州督导官，何无忌为琅邪郡长，孟昶为建康市长，刘道规为义昌郡长。
战争暂告平息，新政府组建完毕，接下来就到刘穆之大显身手的时候了。
刘裕刚进京时，除了军事，其他大事小事全都交给刘穆之处理，刘穆之艺高人胆大，本着来者不拒的心态，仓卒之间进行裁决批示，全都处理得井然有序，轻重缓急分析得极为透彻，刘裕对此十分满意，也觉分外惊喜，毕竟他自己是个文盲，许多事情都没有能力完成，从此把刘穆之当作最亲密的必腹，一切行动都先征求他的意见，刘穆之也竭尽忠心，没有任何隐藏，两人渐渐形成了石勒张宾、苻坚王猛一类的组合，为南朝的开启奠定了基础。
东晋末年的政治法律已经非常松弛，纪律破坏严重，根本没有人遵守，豪门强族横行无忌，人民穷苦屈辱，哭诉无路，再加上司马元显把政令当作儿戏，更加一团混乱，到了桓玄改朝换代，虽然开始也想进行整顿，但他没有过硬的才能，也没有得力的助手，一番折腾之后，各种规章多如牛毛，官民无所适从，局面更显混乱。
刘穆之主政之后，针对这一环境现状，有针对性地一一矫正，不贪图立刻生效，而是采用层层剥茧的办法，逐步扭转国家的颓势，刘裕又习惯以身作则，先用严刑竣法管束内外，再落实到各行各业，各门各部，文武官员全都谨慎小心地在职工作，不满十天，建康风俗大改，民间全都欢庆鼓舞。
公事基本确定，刘裕的私事也渐渐抛了出来。
实际上在刘裕进京之后，一系的动作就已经表露了自己的私心，王谧固然是望风使舵的好手，但能在兵变之后还受重用，很大程度上是因为昔日的一番经历。
刘裕刚出道时，名望既小，官位又低，性格还轻浮狡狯，品行不端，社会上层人士都不肯与他来往，只有王谧对他另眼相看，认为他不同寻常，日后定有大出息，还不时帮助他脱离困境。
刘裕曾与刁逵一起赌博，赌输了没钱还债，刁逵就把刘裕绑到拴马桩上，要挟刘裕的家人定期送钱来，不然就要刘裕好看。
王谧听说之后，立刻出面责备刁逵不应这么过份，还替刘裕把债都还清了。
如此种种，以刘裕的性格固然是忘不了王谧的恩惠的。
刁逵更让他印象深刻。
恩可以不报，仇必须了断。
勤王军起事之初，诸葛长民前往豫州耽误了日期，因而不能及时发动，事情也由此泄露，时任豫州督导官的刁逵，下令逮捕了诸葛长民，装进囚车，押解送往建康。
半道上，桓玄出逃的消息在国内传得沸沸扬扬，押解囚车的卫士于是放了诸葛长民，重新回历阳，刁逵则被迫放弃城池逃亡，后被部下生擒，送到建康。
刘裕看着一身狼狈的刁逵，心里说不出来的清爽，把刁逵一家男女老幼全都绑到石城斩首，为了证明自己不是心狠手辣的人，特别宽恕了宫廷顾问官刁聘，但不久便以谋反的名义将其处死。
刁逵的旧部提前把刁逵的侄子刁雍，藏了起来，秘密送到后秦所辖的洛阳，终于逃掉一劫，姚兴任命刁雍为太子助理官，等到后秦亡国之后，又投奔北魏，一生颇多功绩，最后也得以善终，算是弥补刁家的遗憾了。
恩怨分明固然是不错的，但总归有个度，刘裕显然是越界了，刁逵是名门之门，世代忠良，虽然逼债的手段略显不堪，但赌场大抵如此，没什么好说的，罪不至屠灭满门。
刘裕一生的污点不多，但这件事显然就是个不小的污点，而且他之后生的儿子们，也都继承了他这个心狠手辣的基因，终于酿成了多个人间惨剧。