从399年的孙恩之乱开始，一直到411年卢循之乱宣告平定，这场断断续续12年的祸患，终于彻底结束。
这12年对于晋王朝来说，无疑是巨大的灾难，对司马家族而言，更是充满血泪的痛点。
但从社会的平衡关系来看，有人失意就必定有人得意，刘裕显然就是得意的那一个，经过12年的历练，早已成了晋王朝的实际领导者。
变民集团摧毁之后，东晋并没有因此平静下来，仍有许多危机充斥不散。
北方的外敌是持续几十年的旧患了，对刘裕而言，或许并没有那么迫在眉睫，解决国内的反对势力才是摆在他面前的首要任务。
当年一同起兵勤王的几个盟友，到了411年已经死得差不多了，剩下的几个人里面，老实本份打工的人，自然总能与刘裕相处和谐，但凡稍有谋略和声威的人，则全成了刘裕眼中的反对势力，加上益州的西蜀政权，是摆在刘裕面前的首要威胁。
一山不容二虎是亘古不变的真相，刘裕这只大老虎，甚至想把山上的所有其他动物全改造成素食主义者，有哪个敢吃肉，就算是一只黄鼠狼也要立即消灭掉。
就是这么强势，就是这么任性，而且他充足的资本让自己这么嚣张，机智的头脑、忠心的队伍、得力的智囊，放眼全国，谁与争锋。
因为寒门出身，所以许多同样没有背景的人就视刘裕为偶像，不但佩服地五体投地，更甘愿为之流血拼命，至于一些豪门大族，因为桓玄之乱，多数已经家道中落，经过刘裕的提拔，重新掌握权柄，也都刘裕感激不尽，颇为忠诚。
当然这些都是刘裕上位之后才加入的人，随同刘裕一起出道的那批人，则大不相同。
其中的典型代表就是刘毅，因为有大才，也很得人心，即便他甘居刘裕之下，刘裕也是绝不会留他威胁自己的地位，更何况刘毅还经常锋芒毕露，公然挑战刘裕的权威。
料理了卢循，刘裕接着便把枪头对准了刘毅。
刘毅自从桑洛洲一战败于卢循，实力遭到极大削弱，这一战的强弱对比显而易见，所以刘裕根本并没有过分忧虑，早已胜券在握了，为弥补刘毅集团覆灭之后的人才流失，在正式出手前，先在国内提拔一批忠诚有才的人壮大统治基础，布局完成之后，再拔刀亮剑。
褚裕之是褚裒的曾孙褚裕之，被擢升为代理广州督导官；陈郡人殷景仁，被任命为初级军事能参议官；谢安哥哥谢据的曾孙谢晦，被提拔为军事能参议官；吴兴郡长孔靖，担任政府右副行政长官；刘裕的老弟刘道怜，则从并州督导官这个虚职调任北徐州督导官，镇守彭城，成为独当一面的地方大员。
其中谢晦本是孟昶的幕僚，孟昶自杀后，经刘穆之的推荐，进入刘裕的圈子，因为才华横溢，能力出众，很快便成了刘裕的亲信重臣。
可惜刘道规在讨伐卢循之后，就已病逝，不然也能成为刘裕的一张王牌。
丰实羽翼的同时，刘裕不忘提升自己的威严，坦然接任了全国武装部队总司令、立法院副总立法长的职务。
各处工作准备妥当，二刘之战终于展开了。
此战中，刘裕采取的温水煮青蛙的策略，不断麻痹刘毅的神经，在不影响自己仁义名声的同时，逐一除掉不听话的家伙。
412年4月，刘裕以安帝的名义下诏任命后将军、豫州督导官刘毅为首都卫戍司令官、荆宁秦雍四州军区司令长官、兼荆州督导官。
刘毅可不想坐以待毙，虽然实力有限，还是要尝试一下，他的策略是损人利己，既逐个打击刘裕的亲信，然后疯狂地充实自身。
接到新任命的诏书，刘毅对担任首都东区卫戍司令官的刘敬宣说：“我有幸身负西方重任，打算委屈你当南蛮保安司令部秘书长，你可有意助我一臂之力？”
刘敬宣与他早有怨仇，当即大为恐惧，找机会把此事告知刘裕，刘裕笑道：“我保证老兄平安无事，不要过分忧虑。”
政府右副行政长官谢混，首都建康市长郗僧施，都与刘毅交好，刘毅打算借二人在中央的力量，与地方遥相呼应，逐步吞噬刘裕的势力范围，并最终将其消灭。
既已控制了长江上游，刘毅便上疏要求兼任交广二州军区司令长官，并请任命郗僧施为南蛮保安司令官、兼后将军府军政官，毛修之为南郡郡长。
毛修之作为蜀中毛氏的后裔，西蜀将毛氏灭族之后，毛修之暂时投身当时的西征军元帅刘毅的门下，期待入蜀报仇雪恨，但他与刘毅的关系并不是很亲密，两人只是互相利用，毛修之固然想报仇，刘毅则是想利用他在蜀中的影响，为将来布局。
刘裕接到刘毅的各项申请，几乎想都没想就批准了。