后秦的领导班子全部被投进监狱，长安城里只剩下居民六万多户，王镇恶在城中大力宣扬东晋政府的恩德，加以安抚，局面渐渐稳定下来。
417年9月，刘裕终于如愿抵达长安，王镇恶赶紧到灞上迎接，刘裕满脸欣慰地对他说：“今天能完成这项霸主大业，全仰仗你啊。”
王镇恶连忙叩头说：“全是依靠明公的神威和各将领的努力，我有什么功劳。”
刘裕满意得笑了出来，一把扶起他，结伴向长安城走去。
这次会面貌似和谐，实则暗藏杀机——当然是刘裕对王镇恶的杀机。
原本顺利攻克长安，刘裕应该欢喜非常，但中间的插曲让他感觉很不好，那就是王镇恶不听号令，在后秦境内横冲直撞。
刘裕的控制欲极强，这次北伐必定要完全掌控局面，虽处在后方，但对于前线的战略战术安排，其实早有交待，部将们只允许有小幅度的自由发挥。
但王镇恶显然就发挥过头了，在他决定跨过洛阳西上的那一刻，就已经触怒了刘裕。
不久之后，王镇恶被困于潼关，派使节向刘裕求援，刘裕那时的情绪比较复杂，既恼怒，又得意，恼怒的是王镇恶不听号令，使前锋部队陷入危难，得意的则是王镇恶不听号令，果然把部队引入危难。
虽是同一件事，但刘裕的出发点却有两个，一是从大局考虑，一是从个人威望着想，大局来说，王镇恶偏离预定路线，主帅当然会生气，但从个人威望而言，王镇恶的失利最能说明刘裕的见识深远，正因王镇恶不听刘裕的安排，才使军队面临危机。
因为王镇恶统率的军队并不多，即便不幸失陷，刘裕也不会过分惋惜，反倒对自己的威望更加重视。
也正是这个缘故，当刘裕拒绝援救，已准备弃子的情况下，王镇恶居然绝地逢生，并最终夺得首功，无疑狠狠地打了刘裕一巴掌。
刘裕一贯的风格就是，你们都听我的，保证旗开得胜，如果敢不听从，失败是必然的，后果自负。
但王镇恶竟然打破这一常规，瞬间成为东晋最耀眼的明星，不但让同行的其他将领黯然失色，更让刘裕尴尬不已。
除此之外，关中人民一向敬重王猛，而东晋北伐兵团最终攻克长安、驱除羌贼，立下首功的又是王猛的孙子，所以百姓对他尤其推崇，满大街都在传扬王镇恶的传奇事迹，因此同行的原籍江南的将领无不嫉恨恼怒，心中感到不平。
刘裕更加不满意，按他的预期，当他走在长安城的街道上，两边一定挂满了赞扬自己的横幅标语，结果耳闻目睹的却全是王镇恶的那点破事，甚至都把王猛从坟里扒了出来，加以五花八门的吹捧庆祝。
前前后后这许多事，刘裕说什么也不能对王镇恶心生好感，只因王镇恶功高卓著，又不好公开对他表示厌恶，只能暂时隐忍不发，寻找机会发泄内心的愤恨。
这时候王镇恶不等刘裕公然发难，自己先沉沦了，随着鲜花和掌声从四面涌来，贪婪的一面也随之暴露，接管后秦国库时，把里面的金银财宝收入囊中，为数之多，无法计算。
刘裕大感激动，如果他低调行事，还真不好抓到小辫子，现在可好，主动送上门来了。