466年9月16日，刘休仁也抵达寻阳，分别派吴喜、张兴世进攻荆州，沈怀明进攻郢州，刘亮和宁朔将军张敬儿进攻雍州，孙超之进攻湘州，沈思仁和任农夫进攻豫章，几路军同时出动，平定刘子勋的残余力量。
这些残余力量已然没了立足之地，也没有逆转乾坤的实力，唯有坐待灭亡罢了。
刘胡逃到石城，被逮捕斩首。
郢州总部行政官张沈，剃光头发去当和尚，想借此逃亡，还是被揭发斩首。
荆州总部行政官刘道宪，听说浓湖失守，立即遣散州政府军队，派人到建康官军驻所，请求处罚，还未及行动，荆州总务官宗景，率军进城，诛杀刘道宪，逮捕了临海王刘子顼，投降。
雍州总部行政官孔道存，派人到建康官军驻所，请求投降，但听说刘亮率军北上的消息，自知难逃一死，于是和三个儿子一同自杀。
湘州总部行政官何慧文，是个文武双全的将才，刘彧有意让吴喜传旨赦免，何慧文说：“我既身陷叛逆集团，亲手加害忠义，还有什么面目见天下之士。”自杀。
安陆王刘子绥、临海王刘子琐、邵陵王刘子元，同时接到皇命，一律自杀，刘顺和一起逃到荆州的余党，全都斩首。
几方面进展神速，刘休仁很快就从寻阳返回京师，提醒刘彧说：“松滋侯刘子房兄弟，仍在人间，将来长大，恐不是国家之福。”
刘彧深以为然，一不作二不休，于10月1日下诏把松滋侯刘子房、永嘉王刘子仁、始安王刘子真、淮南王刘子孟、南平王刘子产、庐陵王刘子舆、东平王刘子嗣，以及年纪更小尚在乳娘怀中还没来得及封爵的刘子超和刘子期、刘子悦，全都毒死，并下诏诛杀镇北将军府高级军事参议官路休之、宰相府主任参谋路茂之（这两人都是路惠男的侄子，可见刘彧恨意之深），兖州督导官刘祗（刘义欣的儿子）和立法院立法官严龙，也都遭诛杀，罪名全是叛逆。
刘骏共有28个儿子，本年彻底死光。
大势所趋，效忠寻阳政权的徐州督导官薛安都、益州督导官萧惠开、梁州督导官柳元怙、兖州督导官毕众敬、豫州督导官殷孚、汝南郡长常珍奇，先后派使节向建康归降。
但刘彧被胜利冲昏了头，认为西南反军既已平定，打算向淮北用兵，以炫耀武力，于10月21日，下诏让镇军将军张永、中央军事总监沈攸之，率武装部队五万人北上迎接薛安都等人归降。
中央政府左副行政长官蔡兴宗劝刘彧说：“薛安都弃邪归正，绝对不假，现在只要派一个人手拿一封信，就足够了，忽然出动重兵，薛安都一定惊疑忧虑，甚至可能招引北方胡虏，灾患势将更深！如果说身为叛逆，罪孽太重，非诛杀不可，可是从前所赦免的人太多，实在不便突然施加重刑。何况薛安都在外据守的是北方最大的一个军事基地，紧接边界，地势险要，兵力强大，无论是包围或是攻击，都难以克制，为了国家的利益，尤其应使用和平手段进行安抚，万一他投降敌国，朝廷将昼夜辛苦去对付外患。”
刘彧拒不接受，对征北将军府军政官、南徐州总部行政官萧道成说：“现在刚好利用薛安都反叛的机会加以讨伐，你认为如何？”
萧道成说：“薛安都十分狡滑，如果用大军逼他，对国家没有益处，望陛下三思。”
刘彧说：“各路人马都是精锐，定能无往不克，我心思已决，你不要多说了。”
萧道成寻思是你征求我的意见，不然我才懒得管你那些破事，老刘家果然都是些蠢才。
薛安都听说朝廷大军北上的消息，恐惧之下，果然派使节向北魏投降，汝南郡长常珍奇也向北魏投降，献出郡城悬瓠，二人同时请北魏出兵救援。
薛安都把儿子送到北魏当人质，北魏政府派镇东大将军、代郡鲜卑人尉元，镇东将军魏郡人孔伯恭，率骑兵一万人，向东支援彭城，镇西大将军西河公拓跋石，以及荆豫南雍三州军区司令长官张穷奇，向西支援悬瓠，任命薛安都为徐兖等五州军区司令长官、镇南大将军、徐州督导官、封河东公，常珍奇为平南将军、豫州督导官、封河内公。