北魏既已接收寿阳，又趁着萧懿大军南下勤王的良机，一举吞并淮南郡全境，然后才扬长而去。
而萧齐国内的危机却并没有因此淡化，反倒有愈演愈烈之势。
萧懿南下的时候，雍州督导官萧衍就派亲信虞安福，飞骑前往游说：“诛杀盗贼后，你就建立了使皇帝无法赏赐的大功，面对贤明的君主，还不见得能自保，何况如此错乱的朝廷，怎么能幸免于难！如果盗贼消灭，你最好能率军入宫，废黜昏君，另立明主，这是万世难逢的良机，如果做不到，也应打着应对外患的名义，上疏移驻历阳——这两件事都办不到，一旦放弃兵权，接受他的封爵，地位虽高，却没有军队，最后必定后悔不及。”
但萧懿始终不肯行动，平定崔慧景不久，大祸果然临头。
萧懿共有九个弟弟：萧敷、萧衍、萧畅、萧融、萧宏、萧伟、萧秀、萧憺、萧恢。萧懿凭借勤王大功，被擢升为最高行政长官，萧畅也得以出任皇城警卫军司令官，负责管理城门钥匙。
因为萧宝卷经常出入皇城，萧畅有此工作便利，有人就建议萧懿在萧宝卷出城游逛的时候，宣称奉太后的诏令把他废黜，然后紧闭城门，大事可成。
萧懿到底魄力不够，再次拒绝了保命的良方。
茹法珍等人就很是雷厉风行，认定萧懿迟早是个麻烦，力劝萧宝卷除掉萧懿，萧宝卷自然一口答应。
萧懿的秘书长徐曜甫听到些风声，赶紧在长江小岛上准备船只，劝萧懿投奔襄阳，萧懿一副大义凛然的模样：“人皆有一死，岂有叛逃的尚书令！”
这是他最后的机会，终于主动放弃了。
500年10月13日，萧宝卷派人把毒药送给萧懿，萧懿欲哭无泪，愤然离世。
他的弟弟和侄子们全都躲到民间，只有萧融被捕斩首。
萧懿还没死时，萧衍就已是萧宝卷的心病，曾派郑植以探望弟弟郑绍叔的名义，前往襄阳行刺。
郑绍叔时任萧衍的宁蛮司令部秘书长，受尽领导恩惠，得到消息后，第一时间报告萧衍。
萧衍颇有心机，不露声色地在郑绍叔家里举行筵席，款待远道而来的客人，席间对郑植开玩笑说：“朝廷如果派你当刺客，今天这场宴会可正是绝佳的机会啊！”
在场客人全都大笑，郑植脸上瞬间就黑了，战战兢兢地挨过这关，萧衍又带他去参观城防工程、仓库、战士、兵马、武器、船舰，好好炫耀了一下雍州的实力。
萧衍身处襄阳，军事和经济实力都很雄厚，又是天高皇帝远的宝地，所以根本不买萧宝卷的帐，逼急了大不了就公开起兵。
当然就算萧宝卷不找雍州的麻烦，萧衍毕竟还是准备起兵了。
萧懿的死讯很快传到襄阳，萧衍深夜召集张弘策、吕僧珍、王茂、柳庆远、吉士瞻等心腹，在家中商讨对策，结果不出意外，正是武装起义。
11月9日，萧衍集合所有僚属，对大家说：“主上昏庸暴虐，罪恶超过商纣，我准备与各位同心协力把他除掉。”
大家全都积极响应，当天就建立大本营，竖起义旗，最终集结了武装士卒一万人、战马一千匹、船舶三千艘，又把原来在檀溪储存的木料拿出来建造舰艇，用茅草做成船篷。
萧宝卷得到报告，随即下令辅国将军、巴西梓潼二郡郡长刘山阳，率军三千人，与萧颖胄的军队联合袭击襄阳。
萧衍于是派军事参议官王天虎，前往江陵给荆州总部的各位官员送去一封亲笔信，声称刘山阳大军西上，将同时袭击荆雍二州，不可中了朝廷的圈套。
总部行政官萧颖胄接到书信，一时不能决定，而刘山阳已抵达巴陵，时间非常紧迫，萧衍再派王天虎前往江陵，这次只单独给了萧颖胄一封信。