军备部，负责组织领导全军的武器装备建设，将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。下面设有军械司，负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造；常备司，负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等；火器司，负责火药、火炮、火枪等诸多热兵器的制造；军矿司，负责开采铁、煤和石油。
军建部，负责所有军事设施建设，辖有城垣司、工事司、营房司、交通司，辖有浩大地工兵和建筑兵队伍，全面负责所有军民设施地建设，使得势力内地每一栋建筑都能为军事目地做出贡献，等于后世总后勤部和国务院里建设部、铁道部、交通部的整合。另外，俘虏多半派到这里做苦工。
政务院，设有政务首相和次相，原来的六部改为吏政部、财政部、司法部、农牧部、工商部、文教部等六部，每部设有一个尚书和侍郎。根据军政分开地原则，政务院类同于后世地国务院，因为人才不足和时代局限，机构要简化很多，但比起这个时代地三省六部还是要健全不少。
吏政部包含考试司、人事司、监察司、组织司等部门。
财政部包含税务司、统计司、钱币司、中央银行、审计司；
农牧部辖农业司、民屯司、水利司、林业司、牧业司、粮食司、土地司。
工商部辖有工业司、矿业司、外贸司、内贸司、环保司、质检司、安监司等。
文教部辖有文化司、宣传司、出版司、体育司、产权司、旅游司、文物司、教育司、科技司等，杂糅了教育部、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技部、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业部等后世部门。
司法部，负责法律的制定、案件地审理核查、监狱，将后世的公安部、司法部、法院同归在一起。
后来又设了一个民政部，辖有民生司、卫生司、邮政司、人口促生司、保障司等部门。
廉政公署是由御史台改编而来，对所有官员和将领都有调查之权，公署内辖有信访局。
国家安全总署，由原来的军情司、中情司、暗香司改编而成，不仅仅要对敌人和其他盟友势力，更要对准内部，一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀，升级后的情报总署是后世国安部、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅，是中央情报局和联邦调查局的融合，调查内部、敌人、盟友。
通天教神殿是将通天教的宗教地位提高到军政同等高度，便于发展通天教去挤压其他教派，全面提升国人的宗教信仰。
秘书处记述皇帝的圣旨和转呈下面的情报文书，由秘书令负责起草。
侍卫处负责皇帝、皇室的安全，包括龙骧军、虎贲军和麒麟卫。(未完待续。。)