9月15日，末任设治局长到局视事。
当时，土司有令，凡县人进出设治局，或给设治局纳粮纳税者，抽筋剥皮。
此时，国民政府大势已去，已无力也无暇采取举措来改变这一状况了。
到最后抗战胜利后，时云南省第六区行政督察专员李国清提出了一个措辞激烈的《废除土司制度意见书》，认为“土司制度本系封建余孽，早应废除“，“土司制度实系国家之毒瘤，割治愈迟，溃伤愈大“，希望“政府当机立断，以一团之众进驻腾龙边区，解除土司武装，实行设立县治“。
云南省政府也曾推出了《云南各设治局改县方案》，准备将梁河盈江两设治局合并改设一县。
但同时又说:“至于土司制度，亦为法制所不许，本应令饬一律废除，惟现值剿匪戡乱时间，地方尚未安定，拟仍采取逐渐改废办法，俟土司出缺，不再准其承袭。”
这个方案道出了云南省政府对待土司的真实趋向。
此时，云南省政府越来越陷入内战的泥淖之中，已经无心也无力推行改流的举措了。
1949年8月，时任滇西军队指挥官余建勋提出了《土司政治制度改革纲要草案》，主张“为适应边地特殊情形，司官制度仍旧保存“，“县局对司署居于监督指导地位，不必强令土司制度与内地完全划一，致生干预。”
该草案事实上给民国时期南甸宣抚司改土归流的历史划上了句号。
综上，这些大致勾勒了民国时期南甸宣抚司改土归流的历史过程。
在这一过程，虽然云南地方政府的改流设想最终不了了之，但南甸宣抚司在改流的冲击下已发生了巨大的变化。
像是土司制度被逐步纳入了国家统一的行政体制之中。
在南甸土司一统天下的辖区，先后承设了八撮县丞，八撮分治员，八撮县佐，腾冲第六区公所，设治局。
尤以设治局机构较为完备，初期局内就设有秘书室，第一科(掌管户籍，自治，禁政，风俗)，第二科(掌管财政，粮食等)，第三科(掌管军事，建设，教育，卫生)。
此外还设置了政警队，同时，先后曾设过民众办事处，户籍办公室，统运烟收购总站和禁烟协会(这两个机构人员由局署职员及乡镇长组成)
设治局在基层初设五区，1933年改为十九乡镇，1938 年，推行了户口调查，实行保甲制度，将原土司基层行，保，甲，区，乡，镇长，由设治局政组织变革为乡镇委任，初步废除了土司委派的岳尊，田亢头。
不过抗战爆发后，国民政府有关部门接纳了土司参与政务活动，龚绶曾任禁烟视察员，滇西边区自卫军第二路司令，参议长等。
至于土司的司法，税赋事务管理权也渐渐向流官政权转移。
像是1912年，国民军滇西总司令《饬腾冲府知府黄永谦永禁南甸土司管理司法令》中，明确规定，所有一切民刑诉讼案件归腾冲府管理，土司不得再行收受呈词。
1932年起，梁河设治局逐步掌管了一部分司法权，汉族地区的民刑案件都由设治局受理。
1935 年，又设立了专门受理梁河地区的民刑案件机构——梁河司法处，并明文通知设治局和土司今后无权受理任何民刑案件。
1933，1934年，梁河设治局截收了土司三大款三万余元.1938年，梁河设治局将税收区明确划分为十三个标，由乡镇长征收。
同时，土司的军事力量也受到了极大的挑战。
像是1932年，首任设治局长袁恩膏，推行义务兵制，成立民众自卫大队，自兼大队长。
并限制土司养兵，后经调解，允许土司养兵20名。
1934年改自卫大队为常备大队，1935 年，第一殖边督办署核定给设治局常备队兵额40名。
同年，设治局增设政警队，负责局署警卫，历届设治局长都积极派款购买枪弹，充实武装力量，整训队兵。
尤值注意的是，在抗战期间，中央军事委员会和第十一集团军总司令部，突破了旧有土司制度的不委军职的惯例，委任了土司司官及司署主要人员充任自卫军，游击队军职，如委任龚绶为滇西边区自卫军第二路司令。
土司所属土兵，编入了统一的游击部队编制序列。
南甸土司还在接收了梁河设治局的保卫中队后，改编为特务中队，“下设小队，班长，依照国民党的军队编制，早操，晚操，有时也讲步兵操典“。
这样，土司封委，承袭制度和士兵制度也开始了流化.。
而且土司垄断教育的状况有了很大改观。
1915 年，在八撮分治员支持下，当地绅士在大厂创办了两等小学，使用新教科书，宣传三民主义。
1935年，省教育厅改办为省立小学，以局署驻地大厂为本校，以司署驻地遮岛为分校。
省立小学经费由省教育厅直接拨付，校长由省教育厅委派，具体业务由设治局管理。
为了推行教育，鼓励各族青年入学，还制定了很多优惠政策。
比如:在省立学校读书的各民族青年均享受免收学费，供给宿舍的待遇。
边疆少数民族学生报考省立各级学校，给予从宽录取.。
当然，最重要的是土司管理区域的缩小。
1912年，李根源将南甸司旧治所蛮干改称九保，脱离司治，直辖腾冲.。
蛮干(九保)划归腾冲，那么蛮干东北部的司地河东，蛮丙遂被隔绝。
1916年，省政府同意石孩坡抚夷脱离南甸司，归属陇川行政委员会管辖。
1932年，云南省政府又将南甸土司在西南边境的“飞来地“蛮允，铜壁关划归了莲山设治局管辖，脱离了南甸土司统治。
铜壁关的十五，六个少数民族村寨虽然仍归南甸土司所有，但给其统治带了极大不便。
抓住有利时机，不断缩减土司辖地，也是改土归流的重要内容之一.。
总之，民国时期南甸宣抚司的改土归流没有也不可能从根本上废除土司制度，土司仍然掌握着较为广泛的权力，但是民国时期改土归流的各种举措，使南甸宣抚司发生了巨大的变化。
它的许多职能或被迫同一些新型的管理机构共同执行或被新兴的管理机构取代单独执行;土司及其属官，基层权力执行者则逐渐或主动或被动成为了新型政权机构中的官吏。
所以，这也算是为建国初期民主改革彻底废除南甸宣抚司提供了一定的历史借鉴吧。
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