如何在区田中安排农作物的种植，是区田法的关键。袁文新将适应在凤阳生产的粮食作物，按照一年十二个月逐月给予认真安排：“正月立春后，则烧苜蓿，二三月种稷山芋，三四月种粟黍芝麻及大小豆，七八月种荞麦大小麦及豌豆，节次为之，不可贪多。”
然后规定蔬菜及经济作物的种植季节和方法：“正月垄瓜田，二月种茄瓠三瓜芥，三月姜蓝、木棉、紵麻、黑殿，五六月萝卜蔓菁，七月菠菜，八月蒜葱韭，九月油菜。如此用力省而功倍，不必牛犁，最方便贫农种植。”
为了保证区田法的收获，袁文新根据凤阳缺水的现实，要求农户兴修水利。当时凤阳地下水丰富，挖七尺即可有水，深挖二丈八尺则长年不干。袁文新要求每亩掘一口井以代方塘。还规定农方每家门前兴修池塘，每家开塘半亩，五家相连，可得二亩半一口的大塘，五家协力挖塘，一年挖一尺，十年后即成深泽。再挖四通八达的小沟渠，遇旱年便无患了。
肥料是农作物丰收的根本。为了改革凤阳人不爱积肥的旧习，袁文新设立了管理积肥的“两总”。一总管集镇，一总管农村。集镇总，下设“坊”，坊下设“比”，一坊辖五比。每五家合建厕所一个，集镇中心需建厕所五个。农村总，下设“里”，里下设“邻”，一里辖五邻，也是每五家合建厕所一个。
该组织专门管理厕所粪便。其制度是：如邻、比不修厕所，责任在于里、坊；里坊不修厕所，责任在于总。少修一厕，罚谷一石。厕所粪池的规格是：长宽各三尺，深五尺。
袁文新在推行区田法的同时，还注意到种植树木，牧放家禽。
他规定每户必须用一亩地专门用来种植树木。其方法是：“正月立春后，修种诸果木，栽榆柳，二月接桑果，三月移石榴。五月移竹栽嫁枣，种桃杏李梅核，六月锄桑，皆有其时，依时而行。”种植树木大有好处，“一可以佐谷蔬，二可以可以改燧火，此种树之要利，故次区田。”
还规定在池塘放养鹅鸭，以鲤、鲫、鲢为生。每家要养一马二牛，足以引重，养猪羊鸡狗足以致富。
有了资财后，五口之家要各有分工：聪明的要学习书文，勇敢的要学习武艺；一个人要学习百工技艺，另一个人要学习货贸迁有无；体格强壮的二人要勤于耕耘。
所以袁文新在实行区田法的同时，还特别注意到农、林、牧、副的全面发展，工、商、文、武的妥善安排，颇有济世之才。
从万历四十八年的四月起，区田法实行，仅仅到秋季的半年中，二百亩官田就收获粮食八十余石。这些粮食除足够二十家农户一千亩土地一年的赋税外，尚余三十余石入仓库贮存，待荒年备赈。官方得到了粮食，农民也得到了利益。
在区田法推行的第一年，袁文新带领农民总共垦荒两千三百多亩，修了十二口池塘，盖官、民房八十余间，买了六十九头官牛。袁文新在使用区田法的经费上说得上是高风亮节。通过他的精打细算，他仅用去三百六十三两八钱银子。从福建请来的二十名乡亲，他都是自掏腰包。
区田法在焦山试验成功的消息传开了，贫苦的凤阳百姓纷纷赶到这里观看。当他们看到这里崭新的住房，平整的土地，养满鱼虾的池塘，四通八达的沟渠，郁郁葱葱的树木，逐渐树立了在家乡生活的信心。