作为一个高人气的系列作品，神奇宝贝系列在流行文化中无疑留下了自己的记号。神奇宝贝系列中登场的神奇宝贝们也变成了流行文化的符号：梅西感恩节大游行上两个不一样的皮卡丘气球、全日空的口袋妖怪喷气机、数以千计的衍生商品，名古屋和台北的神奇宝贝公园等等。神奇宝贝在1999年登上了时代杂志
2011年11月人，任天堂在纽约洛克菲勒中心建立了神奇宝贝中心商店。其设计模仿了大阪和东京的其他两个神奇宝贝中心，并以神奇宝贝系列游戏中的标志物命名——神奇宝贝是训练师用来给神奇宝贝们在对战后恢复体力的功能性建筑。商店在两层内出售从神奇宝贝T恤到填充玩具在内的一系列神奇宝贝周边产品。
约瑟夫·托宾将系列的成功归功于一串能被观众被记忆并交流的神奇宝贝名称。内涵丰富的神奇宝贝世界观提供给了观众们讨论、猜想并证明的平台。在各种语言的神奇宝贝系列中，任天堂特别注意了神奇宝贝名称的翻译，使其体现各个地区的文化特征。命名是以神奇宝贝的特质为原则进行的，这符合了孩子们认为名字具有特别象征的观念。孩子们可以在结组讨论中通过评价神奇宝贝们形象来证实自己的个性与同他人之间的共性。
神奇宝贝无印篇：在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。
参加石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球，小刚暂时留在内木博士处。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建，便与他一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。再次，小智参加了神奇宝贝联盟－城都联盟的白银大会。
神奇宝贝超世代：城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分离了。小智重新出发，基于想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
神奇宝贝钻石与珍珠：对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智则受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。
神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。
神奇宝贝：超级愿望：讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道神奇宝贝。当小智知道合众地区神奇宝贝后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。
神奇宝贝XY：立志成为神奇宝贝大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地区，心中怀着新的理想告别了合众地区的同伴天桐和艾莉丝，在卡洛斯地区与新认识的旅行伙莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的神奇宝贝相遇的冒险故事。
2015年10月29日开始播出《神奇宝贝XY&Z》。2016年8月18日放送的「卡洛斯联盟优胜小智的巅峰决战」中，小智使用（粘美露龙、音波龙、甲贺忍蛙、战斗飞鸟、烈箭鹟、皮卡丘）在最后一战超级甲贺忍蛙VS超级喷火龙中败北，获得亚军。在比赛之后，闪焰队对基格尔德实验并暴走结束。
小智：《神奇宝贝》动画全系列主角，年龄约10岁，出身于真新镇，是个朝气蓬勃、热爱神奇宝贝的少年。在旅途中，通过伙伴神奇宝贝的帮助，小智逐渐成长，不断磨练自己，挑战道馆，战胜困难前往下一个城镇，最终获得石英大会的参赛权，虽然取得了16强的好成绩，但小智并未就此满足。他继续前往新的地区旅行，与新的神奇宝贝邂逅，与新的伙伴们并肩作战、共同朝自己的目标前进，接受新的挑战。
皮卡丘：小智神奇宝贝。拥有比其它皮卡丘更强大的电力，因而成为了火箭队的目标；它不喜欢呆在精灵里，是小智因为领取初始神奇宝贝时迟到而命运的邂逅。拒绝进化，深信不进化也能战胜自己的进化型——雷丘。
小霞：《神奇宝贝无印篇》主角，年龄约10岁，自称是世界级美少女、俏皮的美人鱼、华蓝美女四姐妹之一，现任华蓝道馆训练家。喜欢水系神奇宝贝，立志成为水系神奇宝贝大师。因对她的姐姐生腻而外出旅行，来追求成为世界最伟大的水系训练家。当她在真新镇和常磐市之间的河边钓鱼时，她偶遇小智，于是就这样结伴旅行。