几年后，幸存者们的外部生活环境明显恶化。走出室外，到处都是一片荒凉，风沙肆虐，昔日的土地都板结变硬，生物无法在上面存活，也无法进行人工改良。人们只能生活在室内，农作物只能在体育馆内种植，日常活动也限于室内。又过了几年，地球环境极度恶化，室外彻底变成了不毛之地。气候也更加异常起来，要么就是烈日当空，要么就是大雨倾盆。由于地面植物都无法恢复，土壤结构也失去了涵养水分的功能，大雨一到，洪水就开始泛滥，低洼处一片泽国。蔡同荣等人又重新退缩到基地内。李志刚这边的一部分人也要重新回到凤凰山宾馆。其余的则只能躲在大型体育场内，成为真正的‘穴居动物’。
由于农业文明进程停滞不前，幸存者重新恢复工业文明的梦想彻底破灭，跨地域的融合停止了，人们的活动范围越来越少。外出活动的主要内容就是收集各种灾难发生前遗留下来的生物物资。随着自然环境温度的骤升骤降，这些遗留物资也在迅速老化失效，高分子制品基本上都不能够使用了，金属制品也是锈迹斑斑。
十几年后，幸存者的后代开始长大，他们因为未成年而不能获准到地面上去，寂寞难耐，只能在洞穴里面看录像节目解闷。灾难前留下的种种节目内容都如同在外星上发生的事情似的，他们无法理解在录像中那种旷野中的恬静，只好从室内种植的农作物中想象父辈们口中关于灾前地球环境的样子，所有的自然之美都变成了永远的传说，室外就是如同外星一样，昼夜温差巨大，气候反复无常，飓风、洪水更是家常便饭。所有没有利用的建筑都被这种恶劣的环境弄的土崩瓦解，破烂不堪，杂物随着飓风到处飘扬，整个地球就像一个大垃圾场。
幸存者可以利用的人工建筑也开始进入迅速衰老期，会展中心、大型体育场这些适合种植农作物的地点破损的地方越来越多，幸存者们为修补而整日疲于奔命、战战兢兢。外出活动的风险越来越大，许多人都会被突如其来的暴风刮走丢掉性命。为了未来生存着想，人们开始修建地下城堡。各大中心城市里面的人防设施成为根据地，并在此基础上不断扩展，相继修建了大型的地下农作物种植基地，依靠人工阳光来从地面引入并过滤后的空气提供给农作物生长所必须的原料。
人们转入地下生活后彼此间的交流越来越少，文明被地域分割成千奇百怪的发展形态。由于地下农作物种植成本过高，人口的繁衍也开始受到限制。灾难发生前人类在地球表面留下的各种建筑陆续都崩塌风化，被无情的岁月侵蚀的面目全非，最终变成和岩石黄沙一样的粉末，从地表来看，只有金字塔等古建筑还能勉强显露出地球上曾经有人类生存过的痕迹……
若干年后，昼夜温差进一步拉大。生存环境越来越恶劣，地表的微生物全部消失，人类只能穿着宇航服似的防护服才能来到地面。大气的成分变化异常，威胁人类生存的不仅是食物的缺乏，还有空气的稀薄。当世界最后一处地下文明因为苦捱不过而消亡后，与之共生的极少量动植物也就失去发展的动力，全都被封存在地下，随着地表运动而陆续死掉，地球终于彻底退化成一个没有生命的星球……
又过了不知多少年，地球上已经已经与生物刚刚出现时的情景一模一样，到处都是死一般的寂静。这时，一颗彗星撞击地球，又带来了生命的启蒙，生物重新从单细胞开始了又一轮的进化，直至亿万年后，文明重新出现在地球，但那时的文明根本不知道曾有有一种人类文明在此之前已经存在……
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沉默了一会儿，李志刚混乱的头脑有些清醒过来。他将两位专家的话仔细地梳理了一遍，又冷静地思考一阵子，感觉现实未必会这么糟糕。他反问道：“既然苍蝇都能够迅速繁殖，土壤里面的微生物就停滞不前？我感觉目前土壤的情况不能这么糟糕。”
两位专家没有吭声，李志刚又接着说道：“咱们在灾后的世界中已经生活很长时间了，通过这段时间我发现，伽玛射线是很可怕，但对地球仍网开一面，没有造成绝对的百分之百的毁灭。你们看，在白山风景区不就有幸存动植物吗？另外我在岛内时，他们也告诉我，在岛内也有一些幸存动植物。还有，我们刚刚离开北山，在溶洞宾馆附近也听到了鸟的鸣叫声。至于省城至今到处飞舞的苍蝇，都是生机勃勃的生物呀。既然这些大个体的生物能够幸存下来，微生物同样也能够有相当数量的幸存者。”
两位专家对视了一下，其中那位黑边眼镜专家略显尴尬的干咳一下，说道：“李同学，你说得很一定道理。刚才，我俩有些太悲观了。”
那位白发专家也补充道：“微生物的繁殖速度的确快得惊人。细菌一般每隔２０分钟即可分裂一次，一天时间内即可繁殖７２代，如果一个不死，总数将达到４７２２吨。假如再这样繁殖４～５天，它们就会形成跟地球同样重量的物体。”
说到这里这里，他又干笑着修正道：“当然，这只是极端的数字，自然界是不会出现这种情况，因为影响细菌繁殖的各种因素随时都在起作用。微生物这种惊人的繁殖速度，土壤中的微生物应该可以得到一定的补充。”
那位黑边眼镜专家也解释道：“细菌的芽孢、放线菌的分生孢子，真菌的各种孢子，更能抵抗外界不良环境的侵害，一般能成活几年甚至几千年。因此不排除在土壤中仍存留细菌的可能。一个微生物细胞在合适的外界条件下，不断的吸收营养物质，并按自己的代谢方式进行新陈代谢。如果同化作用的速度超过了异化作用，则其原生质的总量（重量，体积，大小）就不断增加，于是出现了个体的生长现象。如果这是一种平衡生长，即各细胞组分是按恰当的比例增长时，则达到一定程度后就会发生繁殖。”
李志刚摆摆手，对两位专家说：“你们说得这些专业术语我虽然听不太懂，但我认为即便土壤真的死亡，咱们也应有补救措施。咱们既然能够躲过伽玛射线，每个人身上都携带大量的细菌和微生物，咱们又不是躲在洞内不出来的，到处活动时就相当于一台台微生物播种机，走到那里就将微生物播种到那里。还有风，也是咱们的好帮手，要不许多地方咱们也没有去过，那里的尸体怎么会大规模腐烂呢？我看如今地球上的细菌数量和规模，并不比灾难前相差太多。”
两位专家仍没有吭声，静静地听着李志刚和专家的对话。
李志刚俯身抓起一把泥土，对两位专家说：“你们看，这泥土虽然没有什么味道，但并不意味着它就完全失去生命。咱们可以去市区里面收集那些苍蝇的尸体，里面肯定富含大量的细菌。你们刚才不也是说可以用置换的方法来使土壤起死回生吗。”
眼镜专家辩解道：“我们对这里的土壤活力有信心，但对于一些没有人活动土壤感到信心不足。比如说在一些平原地带，特别是北方那一望无垠的平原，幸存者乃至幸存生物都非常少，土壤里面的微生物肯定会被灭绝。我刚才还想到一个重要影响因素，那就是风向。咱们目前的风都是北风，也就是从北往南刮。细菌的孢子很难逆风而上，那里的土壤生命恢复也就将会非常困难。”
李志刚笑道：“所以我提出要积极北上，尽早开辟东北大区。至于北方没有幸存者，我认为这一结论下的过早。咱们国家是个多山国家，即便在北方，也有很多山脉。如大行山脉、和兰山脉、兴平山脉、宋岭等，这些山脉和咱们这一带的山脉一样，都是高大险峻，对伽玛射线的阻挡能力也很强。它们那里也应该存在类似白山风景区那样的天然避难所，有一些生物特别是微生物躲过了伽玛射线的打击存活下来，并在空气的流通下向四周传播。”
这时旁边一位助手说话了，他李志刚的观点，说道：“我觉得情况没有那么可怕。记得原子弹刚刚问世时，科学家们都形容其威力有多么可怕，爆炸地点在百年内寸草不生。然而
宽岛核爆几年后就开始长草。自然界的自我修复能力很强，要超过咱们的想象。”
另一位助手也插言道：“我看地球上的人类要比伽玛射线还要可怕，五十多亿人从事的各种活动对土壤造成了严重的污染，这在灾难发生前已经是世界性难题。如今人类消失，土壤借机可以休息一下，估计若干年后就能够完全恢复正常，环境污染问题也将得到根本性的解决。”
李志刚围着稻秧田转了一圈，说道：“两位专家最好用仪器检测一下土壤里面的微生物数量，不仅要检测这个稻秧田里面，而且还要检测一下野外的，甚至还要包括其他地区的。如果那些没有幸存者活动北方地区土壤里面微生物含量真的过少的话，我看咱们还可以开办一个微生物培养基地，培养出来大批菌种，再让万玉江的驾驶农用飞机进行空中播散，尽快让土壤中微生物的数量恢复正常。”
正说到这里，李志刚手中的卫星电话响了，他忙接起来一听，原来是章武打过来的，他报告说：“林中校的飞机在机场降落了！”