从大明军队开始进攻叛军，时间过去了一个月。
山形县南面城墙外的奥羽河河面一平如镜，波澜不生。在蓝蓝的夜幕下，河水正缓慢地无声地流动着，宛若一块莹莹的冻绿水晶，显得无比澄净而静谧。俞大猷一身戎装，坐在江畔的一块岩石上静静地望着河面，似乎有些忧郁。他的脚边放着一堆“三株桐”花纹旗。
许久许久，他收回了目光，静静地盯在那堆“三株桐”花纹旗上，脸上忧色变得愈来愈浓。这几日从前线传回来的消息令他十分难受：大明虽然凭借着巨大的空中优势，以及强大的火力一举消灭了叛军主力，但丰臣秀吉和一些漏网的叛军些头目带着残部逃入了奥羽山脉，而且化整为零，在群山峻岭之中，和大明军队打起来游击。
没想到进入山区后，因为地形不熟，前去围剿的大明军队屡屡吃亏，他这些人马想要完全剿灭躲进山中的叛军，不知道要拖到猴年马月。俞大猷本来通过内应，想一战定乾坤，没想到这个狡猾的丰臣秀吉竟然留有后手，听被俘虏的叛军说丰臣秀吉在山上竟有无数个补给点，储存了大量的粮食弹药，坚持个三五年都没问题。
凭着这两万多大军想要完全封山，根本不可能做到。这么多军队待在这小小的山形县，在这里每天的补给给养都要从国内运送，每天的消耗可想而知。难道真让丰臣秀吉之流逍遥法外，听之任之吗？皇帝也不会答应他半途而废的。正在他胡思乱想的时候，一辆越野吉普从海滩边开了过来，然后嘎的一声停在他的面前。
从吉普车上面跳下来一位身穿中将军服的军官，俞大猷抬头看过去，脸上顿时露出了笑容。原来，来的是他以前的老搭档谭纶，不过这些年两个人一南一北，有十来年没有相聚了。俞大猷有些疑惑：谭纶一直在安南担任军区司令，他怎么这时候会来到瀛洲？
老友相见，自是一番寒喧不表，两个人相携走路设在山形县城的临时指挥部里，坐定之后，谭纶开门见山，笑眯眯的向俞大猷说明了来意：“俞总督，这是末将奉朝廷的旨意，从安南带来了一只山地部队，专程替你解忧排难来了！这些军士全部是由广西山民组成，特别擅长山地丛林作战。根据锦衣卫的情报，在此之前，军机处已经做了相应的预案。“说到这里，他冲着门外喊道：”韩旭，进来吧！”
“报告！”
随着一声报告，一位身材敦实的年轻中校军官推门而入，向两位首长行了一个军礼。谭纶介绍：“这位就是山地营的指挥使韩旭，多次剿灭了安南的叛乱，有丰富的山地丛林作战经验。另外，这次还有锦衣卫在瀛洲的军情人员配合，相信很快就会逮住丰臣秀吉的！”
俞大猷微笑着走过去一拳擂在韩旭的胸膛上，那韩旭身子只是晃了晃，并没有后退一步。俞大猷露出欣赏的表情，点点头说道：“底子不错，怎么样？准备怎么对付这些遁入山林中的叛军。”
“报告总督，卑职来之前，已经研究过丰臣秀吉他们采取的战术，这些叛军化整为零，利用熟悉地形的优势，用小股队伍骚扰和偷袭搜山的大明军队，给我们造成那不小的损失。这种法子，安南的那些叛匪经常用，没什么新鲜的。我们这次山地部队就是专门对付他们的。请总督把受伤的队伍撤回来，守住主要的通道。卑职打算以山地营为核心，组建小分队。以小分队对付小分队，也化整为零，而且我们还有通讯上的优势。这瀛洲四面临海，他们跑不掉的！”
“很好！韩中校，那就放手去做吧。我让大军配合你的行动！”俞大猷微笑的说道。
“多谢总督！”韩旭行了一个军礼。
“韩旭，你先退下，我和俞大人还有事要谈。”谭纶下令道。
“是。”
韩旭立刻立正敬礼，然后走了出去。
谭纶等他出去以后，神情变得严肃起来，他从怀中掏出一卷黄轴捧在手里，恭恭敬敬的递过去，然后对俞大猷说：“俞总督，皇上有密旨给你。”俞大猷赶紧整理了一下军装，行过礼后，这才恭敬的接了过来。他打开细细阅读，须臾，就看完了这份篇幅不长的圣旨。
看完上面的内容，俞大猷忍不住倒吸一口凉气，问：“子理兄，皇上命我将所有参与叛乱的大名全部剿灭，取消大名领地，瀛洲所有的大名领地改设县制，然后分田地，进行土地改革，成立农户合作社，由朝廷派人管辖。让所有的倭人百姓都分配到土地。这可是个大动作呀！朝廷这是要完全吞并日本吗？然后，那些没有参与叛乱的大名会作何感想？会不会引起这些人的不满。导致更大的叛乱。”
谭纶解释说：“皇上已经下决心了，要彻底解决倭国这个隐患，收编所有的倭国武装，同时成立瀛洲自卫队。对于没有参与叛乱的大名，朝廷也给了他们出路，一是授予大明的爵位和官职，要么去经营他们在南美的领地，要么就把他们吸收到总督府中参政议政，成立瀛洲议会。另外，对于这些领主土地上的损失，朝廷将拨出巨款，补偿给这些领主，或者在南美给他们划出一块地方。为了预防不测，朝廷还派来了十万大军，已经抵达了琉球。十天后，将陆续抵达瀛洲。一句话，瀛洲之地，只能是大明帝国的瀛洲倭人自治区，绝不能成为倭国。总之，那些倭人领主要么接受，要么去死。”
俞大猷把圣旨小心翼翼的收好，然后一抱拳，语气坚定地说道：“谭大人，请转告皇上，末将一定将皇上的旨意不折不扣的执行下去。不辱使命！”
“俞总督，这是恐怕不行。只能够请你自己去向皇上回电报了！”谭纶笑眯眯的摇摇头，然后站起身来向俞大猷敬礼道：“报告总督大人，瀛洲军管会总管谭纶向您报道！”
俞大猷闻言大喜。
……
时间到了万历三十五（1609）年，俞大猷经过八年的努力，瀛洲已经完成了土地改革，丰臣秀吉、德川家康五年前就作了古，已经平定了整个动乱。今年瀛洲总督府正式撤销，瀛洲总督区正式更名为大明瀛洲倭人自治区，成立由瀛洲倭人代表组成的议会，由朝廷派出官员担任自治区主席。
其后数年无事，日月星辰地角天涯无往不神驰。时间很快到了万历四十年（1614），一个惊人的消息传遍了天下。七十六岁的万历皇帝朱翊钧突然宣布退位，由二十三岁的皇太孙朱由校正式继位，身体羸弱的皇太子朱常洛终究没有熬过万历，十年前就一命呜呼。
这些年万历皇帝也时常感到精力不济，在征求了已经116岁的老齐王朱厚炜的意见后，朱翊钧终于下定了决心，为了大明帝国的长治久安，他决定开启大明历史上禅让的先例，让年轻人早一点顶上来，早日完成帝国的传承。
一六一五年元旦，万历皇帝向朱由校正式移交皇位，改万历年号为天启。至于原时空那位崇祯皇帝朱由检目前被封为信王，被派遣到新西兰担任总督。完成权利交接仪式以后，朱翊钧携恭妃王氏、淑妃郑氏前往天津，登上大明皇帝号邮轮前往夏威夷去陪伴齐老王爷朱厚炜，从此，再也没有返回大明。因此，后来夏威夷岛也被人戏称为“皇家养老院”。
天启皇帝朱由校继位后，任命五十二岁孙承宗为新的内阁总理重新组阁。这位由武转文的中将也开启了一个先例，那就是武将可以在放弃军中职务以后，进入文官的行列。不过这有一个前提，那就是有地方执政的经验。
比如说孙承宗本身就是万历二十五年（1599）的进士第二名，曾授翰林院编修，而后转拜中允，可以算得上是文武全才，这也让那些武将看到了希望。过去，大部分的武将退休以后，只能够担任上院的议员。如今这年代，那些武将哪个不是军事学院的高材生，文化程度不会比那些科班出身的文官低，而且很多人的执政水平加上雷厉风行的军人作风，在实际工作中更加的有魄力，执行能力更强。
譬如像如今的铁道部官员大部分都是军队出身的武官，这些年，全国铁路网已经完成了八万多公里的铁路建设，初步实现了所有的大城市都通火车，大大改善了国内的交通和物流环境，这些都跟前任军人出生的官员工作更有效率脱不开关系。而朱由校从小就跟在老齐王身边学习，十九岁时还参与了安南平叛，亲自上了战场。
因此，天启皇帝对军人有天生的好感，很多重要的岗位启用了一些转业军人。时代不同了，经过这么多年的努力，如今”军人不干政、军人只听皇帝的命令”这个信条在大明军队已经深入人心，成为了大明军人的基本行为准则，因此并没有在大明朝堂引起多大的反响，反而导致那些科班出身的文官不得不审视一下自身的差距，改变工作作风，开始迎头赶上。
孙承宗担任总理以后不久，就迎来了他的第一次考验。尼泊尔的廓尔喀由须弥山南入寇后藏，这不同于安南叛乱，那里山高路远，交通不便，毕竟火车才通到了拉萨，而且那里是少数民族地区，需要执行朝廷的民族政策。孙承宗遍观文武百官，向皇帝推荐了蒙古族的将领麻贵挂帅领兵，同时推荐老臣叶梦熊担任招抚使，先剿后抚平定后藏，朱由校欣然一一照准。
麻贵抽调原来统属宁夏部队，以六万大军由青海抵后藏，翌年四月首战，连败廓尔喀屯界之兵，收复后藏失地，六月全线大举反攻，此役，二十一岁的卢象升少校率领先遣队长驱直入尼泊尔境内，一路所向披靡。麻贵大军后继。尼泊尔前线将领还痴心一片，还苦苦等着后方大军来援。
但明军攻势如潮，加上招抚使李梦熊跟在后面招降纳叛，收编了很多尼泊尔境内各部落。在这些部落的协助下，明军很快就攻到了加德满都城下，尼泊尔李查维王朝的国王哈努曼众叛亲离，无奈又俯首称臣，并被明军押往大明首都北京请罪。天启皇帝朱由校考虑到当地苦寒之地的实际情况，并没有过分的为难他，训斥一番后又将哈努曼放回国，哈努曼感激不尽。
从此，尼泊尔成了最忠心耿耿的属国，叶梦熊根据尼泊尔地瘠民穷的实际情况，建议朝廷招募部分当地人从军，尤其是那些英勇好战的廓尔喀人，这样既可以让他们的家庭挣到钱，改善他们的生活，也为朝廷增加了一支善于山地作战的部队。