大家做出这样的决定并没有经过多少思考，李自成和王瑾一贯是对的，所以他们这次就是对的。所有主要头领，除王瑾外全都跟着主力西撤，留下贺宏器、马世泰、郝摇旗、贺兰、路应樗、武平孝六人，分别指挥六座城门的攻击。
前几天投降的降卒打头阵，在“投降不杀”的喊叫声中，闯军开始了攻城。在此之前，闯军还从未攻击过如此防卫森严的要塞，然而，这一仗却打得前所未有地轻松。尽管闯军的兵力只有官军的三分之一，可官军没有一点斗志，有两座城门直接大敞大开，放闯军入城。
只有尤世威、刘肇基等人的家丁试图抵抗，这些人吃得更好，居住条件更宽敞卫生，因为酒的配给更多，对于被污染的水源也接触得较少，受瘟疫的影响没有一般的营兵和卫所兵那么大。然而，一万官兵抵抗三千闯军轻而易举，千八百个家丁想要抵抗三千闯军，终归是无用。
王瑾留下的这三千人中有很多辽人，在和曹文诏、尤世禄、左良玉等部的交战中，闯军俘虏过不少辽人，因为此次战斗中要对付的官军主要是辽兵，所以王瑾也尽量让自己的同乡多留下，免得有人多说闲话。
因为火药和弓箭都不能用，家丁们的战斗力也不怎么样，辽东话、河南话、关中话、陕北话的劝降声此起彼伏，闯军又带着干燥的火药入城，将缴获的火炮拖过来准备炮击。
罗岱的家丁队长谢应龙第一个投降了，他是玩炮玩得最好的，所以也最清楚挨炮轰的后果，他手下的兄弟全是火器手，近战能力非常弱，现在没有火药，不投降就只能等死。
徐来朝在战斗中被打死，尤世威的兵马溃散，他坚持不降，自刎而死。刘肇基的指挥部遭到炮击，房屋垮塌，把他砸昏过去，要不是王瑾和当了俘虏的刘肇基的家丁们坚持要寻找他，将他刨了出来，他差一点就要在闯军烧城时被烧死。只有罗岱是陕西人，又久在河南任职，熟悉潼关地形，率领少数亲兵缒城而出，逃之夭夭。
闯军共俘虏了官军兵将近八千人，再加上城内家属、百姓，共计两万九千余人。按照原定计划，全部押入城南的山寨隔离。王瑾原本有让俘虏强制洗澡灭虱的打算，但春天的温度不算高，没有足够的燃料和保暖设备，俘虏洗澡受寒，反而更容易得病，再加上水源不足，挑水洗澡得把人累死，下河洗澡河水又没法喝了，所以只好作罢。
在一些历史时期，有一些民族的文化比较排斥洗澡，认为会导致疾病，不是完全没有道理。假如保暖措施不行，洗完澡被冷风一吹，那不是没病找病吗。一群人聚在公共澡堂里洗澡，共泡一池水，也很容易传染疾病。最初制定这些措施的人，其实是有智慧的，然而被后世一群二百五弄成了宗教教条，就变了味了。
潼关城内的物资，闯军只带走武器、金银细软和尚未浸水的粮食，趁着这几日天晴，都拿到太阳底下暴晒。其余城内的所有建筑和物品全部纵火焚毁，在放火之前，还填埋了所有水井和粪坑。
王瑾自己都觉得有些小心过甚，但和瘟疫的威胁相比，多烧几间房子也算不得什么。在这种时候，过分小心总比没头没脑地送死强。他下令再建两个营寨，一个是俘虏用的，一个是自己的兄弟用的，都是给病愈的人准备的住所。