同年夏季，7月14日－19日，以核武器为主要攻击手段的“六日战争”在地球联盟与自由同盟之间终于爆发，昔日人类美好的家园——地球，成了一个人间地狱。全球八十亿人口，最后只剩下了不到一百万人口。
虽然，人们常说正义必然战胜邪恶，但事实却常常相反。
获得胜利并最后带着全球残余人口离开地球的，是地球联盟。由于战前就具有的人口优势，这残余人类中大部分是东亚人。幸好，人类此前已经在月球、火星以及木卫二、三上建立了永久基地。
三年后，公元2179年，新的人类星际联盟在木卫二成立，其领导者正是当年地球联盟的首脑。在新的联盟中，建立了高度统一极权的制度，并迅速形成了新贵族与普通民众的分化。联盟的统治者，为了重建历史，而大量篡改教科书与历史著作，形成了新一代的思想意识，即不惜一切代价维护人类联盟的统一与文化一体化。
旧时代的人类，在二十年之内全部死去，由于医学科技的发达，新的一代平均寿命逐渐达到了百岁左右。
地球，除了青藏高原，已遭到了彻底毁坏，那些战败者、来不及跟随联盟出逃的人类，随同往日高原的居民，一同开始了在高原上新的蛮荒时代的记忆。
时间，在两种状态下以不同的方式流逝了两百年。
公元2376年，联盟星际网络公司游戏部的一名程序员开发了一套全新的网络游戏《创世纪》，在网络空间里再造了一个真实的世界。这名出身平民的程序员没有名字，他的公司编号是008，后人就以这个谐音“凌零发”记住了他。虽然这个游戏不久就成为了联盟新的思想犯流放地，但其更为深远的影响却是类人智慧的正式出现。
这名叫008的程序员休假来到了地球，遭遇了那些蛮荒人类的后裔，形成了新的抵抗运动——自由人类同盟。这一年，是公元2378年，被后世的自由同盟史家称为自由历元年。
同年，同盟方的k博士与阿姆斯特朗教授发明了超距交换机；联盟方的科学家艾尔罗史密斯通过对超弦物理的研究，而发现了超光速飞行的秘密。通过这两种方式，人类获得了星际迁移的能力。
自由历二年，在几次同盟与联盟之间的战争之后，联盟在新首领嵯峨氏的谋划下，以阴谋缔结了双方的和约。从此，全面停战得以实现，局部战争不断也成为一种现象。双方的自由贸易也在和约基础上展开。
在其后的几年间，由于双方技术的发展，人类终于实现了恒星际旅行，联盟与同盟都各自发展为zhan有大量适于居人行星的人类国家。
自由历五年，公元2382年，联盟中主管精神流放刑罚的最高法院宣布中立，成为联盟与同盟双方的仲裁者。同年，联盟在嵯峨氏的改组下，最终形成以新天皇为首的领主制度，联盟改称“旭日帝国”，新天皇定都东京星，居于新江户城。这一年也就是旭日历元年。
自由历189年，旭日历184年，人类发现硅星，其上居住的硅星人科技已达到人类公元21世纪时期。帝国想要奴役该星，而同盟则打算帮助该星人共同进化。
自由历200年，旭日历195年，由中立的最高法院接管的“创世纪”网络，从一个早已被大多数人淡忘的身份开始再次登上了历史——它衍生出了大量的拥有高智慧强体质的“类人”，它们控制了人类当时几乎所有的电脑与网络。在经历了人类与“类人”几次交锋而不能取胜之后，人类终于以法律形式承认了“类人”。三年后，“类人”建立了自己的国家。
自由历497年，旭日历492年，已逐渐占领银河系第一旋臂的人类开始觊觎银河系的另外三条旋臂。在向第三旋臂进发的过程中，遭遇第三旋臂异星人建立的银河帝国，两大人种间的战争爆发。