在汗位的继承上后金与明朝的“长幼有序”“立嫡不立长,立长不立幼”并不相同，他们遵守的是“幼子守产”制度，实行“分家子与未分家子”制。
努尔哈赤特别喜爱大妃阿巴亥所生的阿济格、多尔衮、多铎三个年少的“未分家子”，他去世后，将所属的两黄旗留给了三兄弟，努尔哈赤也曾设想让多尔衮继承汗位，由代善辅政，但只有十三岁的多尔衮毕竟年少，很难独掌汗权，再加上当时众多贝勒的阻扰，努尔哈赤的想法未能实现，皇太极是努尔哈赤第八子，在八大贝勒中排名第四，又被称为四贝勒。
一年后，努尔哈赤病故，当时众多的兄弟有当中代善，阿敏，勒莽古尔泰三位贝勒，还有阿济格、多尔衮、多铎三兄弟，都有机会被立为汗。皇太极少即丧母，所领的两白旗在八旗中实力最弱，且无直胞兄弟，战功在众位贝勒里面也算不上突出，当时所有人都认为，继承汗位几乎没他什么事。
但最有实力的代善与努尔哈赤的福晋关系暧昧，风评不好，阿敏和莽古尔泰也不可能，真正能争夺汗位的只有皇太极和多尔衮，努尔哈赤死后，尸骨未寒，汗位之争就非常惨烈，皇太极虽然身处劣势，但其丰富的政治斗争的手段又岂是几个小年轻可比的？
皇太极只用了两招便轻松击败了呼声最高的多尔衮等人。
其一，皇太极用釜底抽薪之计抢先逼死了乌拉那拉？阿巴亥，没有大福晋的号召力，多尔衮等人的声望立刻降至冰点。
其二就是争取中间观望派的加盟，与多尔衮等人的茫然无措不同，皇太极或许诺，或拉拢，或分化，把摇摆不定的阿敏和莽古尔泰等人都变成了支持者，而最大的收获则是代善的临阵倒戈，岳托和萨哈璘出于对皇太极文治武功的敬佩，一力撺掇代善改立皇太极，老歼巨猾的代善权衡利弊后欣然点头同意。
是以，此后多尔衮曾多次报怨：“太宗（皇太极）之位原系夺立”究根源即此。
虽然皇太极登上了大汗宝座，但他的曰子过得并不舒心，挡在他面前的有两座大山，一是八王议政制。
皇太极登基后与代善、阿敏、莽古尔泰四大贝勒“南面坐受”朝拜，共商国是，当时八和硕贝勒的权力是相当大的。行政上，四大贝勒平起平坐，共同裁决军国大计，无君臣体统，经济上，有人必八家分养，土地必八家分据，八王有拥立、监督、更换大汗的权力，汗与旗主是并列的。
为了改变自己这个虚名大汗的处境，为了实现一体独尊的目标，皇太极绞尽了脑汁谋划，他选择的第一个出手的目标是阿敏。
天聪四年，皇太极宣布阿敏十六条罪状，圈禁至死，这样，四贝勒参政变成了三尊佛执政，代善歼猾，提出皇太极中坐，他和莽古尔泰侧坐，以示皇太极的至尊之体。
天聪五年，皇太极以抽刀露刃，弑母谋孽之罪打倒了莽古尔泰，过不多久莽古尔泰暴毙，皇太极追夺封爵，为了不引起其他贝勒的反弹，皇太极收缴了他的正蓝旗交给其弟德格类。
今天，皇太极顺势推舟，凭借旅顺兵败的罪名又把德格类圈禁，正蓝旗名正言顺的落入儿子豪格之手，代善见势不妙立刻宣誓效忠，皇太极一体独尊，独揽汗权的目标基本实现了。
第二就是自身的实力，在八旗中，多尔衮兄弟三人占有两个白旗六十五个牛录，实力最强，其次是代善父子的两个红旗五十一个牛录；第三才是皇太极父子的两个黄旗四十个牛录；第四是努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐的儿子阿敏领导的镶蓝旗三十三个牛录；第五是努尔哈赤的五儿子莽古尔泰领导的正蓝旗二十一个牛录。
皇太极用“黄衣称朕”“黄色是汗”的借口大胆变易旗帜，将自领的两白旗与阿济格、多尔衮、多铎所属的两黄旗更换旗帜，即皇太极领两黄旗，三兄弟则领两白旗，在不伤原旗筋骨的情况下说服了原三大贝勒默许，年少的三兄弟忍泣吞声，其后，皇太极又将莽古尔泰和德格类的正蓝旗收归己有。。
从此，他独领两黄一蓝三旗，在八旗中实力最强。
可以说，皇太极凭借着一些列令人眼花缭乱的手段，已经获得了绝对的实力和权威，但他依然不满意，借着旅顺兵败的借口，他要做的事情还很多。
首先是向旗权开刀，皇太极称汗伊始，就着手削减诸王旗权，断然提高固山额真的地位和职权，命他们参议军国大事，天聪五年他就已经效仿明制，设定了后金主要的行政机构如吏、户、礼、兵、刑、工六部，原来各部都是由各贝勒兼任主管，下设满承政两员、蒙古承政一员、汉承政一员，参政八员，启心郎一员。参政以下各官员各部数额不一，借着这次的兵败，皇太极处置完户部尚书德格类之后即下令，停止贝勒领部院事，将六部的权利全部控制在自己的手中。
随后又颁布《离主条例》，规定：凡牛录属下人，或奴仆有讦告其主私行采猎，隐匿出征所获，擅杀人命，歼污属下妇女，战士有功不报，压制申诉等项属实者，准予离主。
最后，借着旅顺兵败的东风，皇太极抛出了蓄谋已久的蒙旗军和汉旗军的构建设想，并获得通过。
在这之前，投奔后金的蒙古部落都被编成牛录，大部分归在满八旗的名下，比如喀尔喀部，科尔沁部等，这就是满八旗下有百分之二十的蒙古人的原因，老汗时代只有两个蒙古旗是读力的，现在皇太极决心把所有蒙古各部都读力出来，暂时编为五个旗，科尔沁、奈曼、敖汉各部牛录再加上喀喇沁部的三十个牛录，皇太极实力再次膨胀。
皇太极当初单独建立汉军旗可谓是用心良苦：扩大兵源，以汉攻汉只是表面现象，更深一层的用意在于削弱八旗诸王贝勒的权势，打破他们对军队的垄断，削弱他们手中的权力，从而巩固皇权。
之前的汉军旗其实只有两旗，皇太极早就想将孔耿二人麾下数万汉兵也编入汉军旗，无奈在两人归附的条件中，自己曾亲口允诺过让他二人各自带领本部兵马，自成系统，现在怎么好出尔反尔？
没想到旅顺之战两人大败而归，为了减轻罪责，在心腹苏克萨等的穿针引线下，二人上疏提出主动编入汉军旗，所部兵马交皇太极所领，这可谓正中皇太极下怀。
于是皇太极把汉旗军分为四旗，每旗设牛录十八人，固山额真一人，梅勒章京两人，甲喇章京四人。四旗共计两万四千人左右，孔耿二人加上马光远，石廷柱等分任固山额真。
除了旗权和蒙汉旗外，他还借机抛出了三院、六部、都察院、理藩院，合称三院八衙门制度，进一步削弱旗主权势，加强集权，在官制建置的同时，还推出了武职满名等级制度，但这项制度实行的阻力很大，需要时间慢慢的分化拉拢一批，打击另一批，短时间内还看不出效果。
就这样，凭借一个小小的兵败旅顺借口，皇太极便一石数鸟，大获全胜。在军事上，他独领两黄一蓝三旗和蒙、汉四旗，放眼整个八旗再也无人是他的对手，哪怕其他人勾结在一起。政治上，他不但把诸贝勒的参政权削弱到最小，甚至连旗权都受到了大幅的冲击，可以说，只要他一煽动，其余各旗下辖牛录再也没有之前的那种团结。
然而，皇太极需要平息众人兵败旅顺的怒火，以及否决随之而来再次出兵的提议，他需要时间去消化夺取的这些胜利战果，皇太极的对策很简单，怒火是一回事，利益又是一回事，你们谁不服气的，可以自己去啃啃这块硬骨头。
果然，第三天朝议的时候，镶白旗的多铎在阿济格的撺掇下就跳了出来，大声疾呼说这场失败是无法忍受的，特别是在占据了旅顺之后还被明军赶了出来，这是后金恒古未有的惨败，若不派出大军扫平旅顺，对旗人士气的打击是非常严重的，对大汗个人的权威也是不利的云云……
皇太极盯了一眼阿济格，又看了看多铎，沉默不语，平心而论，旅顺救援的这股明军给他一种非常怪异的感觉，就像埋伏在草丛里的毒蛇那样，却突然对岳托他们伸出了獠牙！
可无论是旅顺之战还是金州之战都没能获得有用的信息，也没能抓获一个俘虏，甚至连这股明军是哪一部的兵马都不知道，只知道明军的旗号打的是东江旗号，查来查去很快就排除了这个说法，对于金州那个甲喇章京的说辞，皇太极是嗤之以鼻的。
但无论如何，皇太极也必须有个说辞，当初是他力排众议，说服众人出兵夺取旅顺，现在两旗损兵折将，他必须有所表态才行，说什么？明军强悍？这句话不适合他来说。
想到这里，皇太极目视代善……
代善看出了皇太极的窘迫，他想了想，转动着手里的扳指悠悠的开口道：“就如铁摩达所说，这股明军火器凶猛，又个个悍不畏死，倒是有些传说中的浙兵的样子，我是这样估计的，很可能就是大明按照那个叫什么戚继光遗留下来的练兵纪要训练出来的一支新军……”