1挑选大豆挑选颗粒饱满质量上乘的大豆。这样的大豆发酵的时候发地更好。
2泡大豆将大豆洗净，加大豆量3倍的水，泡12个小时左右。根据季节有所调整，如夏季的话就稍微缩短一下泡发的时间，冬季的话适当延长12个小时也无妨。
3做熟大豆做熟大豆有两种方法，一种是煮，一种是蒸。两种方法没有很大的差异，蒸的话营养流失的要少点。如果选择煮，煮开后，要换中小火，慢煮至大豆颜色变成浅褐色为止，大约34个小时足矣。如果嫌时间长，可以用高压锅。
4接种发酵菌这是制作清麴酱最重要的步骤。根据发酵大豆的菌类不同，做出来的味道和香味也就不同。传统的方法是在煮好的大豆中加入稻草，使其自然发酵。稻草中的菌类会移动到大豆里，使大豆发酵。方法是在大豆凉之前，铺上稻草，把热热的大豆倒在上面，或者把稻草剪成一节一节的，分散穴到大豆里。如果有已经做好的清麴酱，可以取少许，撒到煮好的大豆上，使其发酵。或者也可以用清麴酱发酵引子。
5发酵发酵的时候一定要保持40度的温度和80度的湿度。这个时候，不要因为发出的气味不好闻，就用塑料纸封上。清麴酱菌也像人一样，需要呼吸。如果要遮挡，最好用透气性好的纱布。为了保证温度，最好放在恒温的室内或者用被子包起来。一般来说，23天就发酵好了。怎么判断发酵好了呢？简单的讲，就是要闻其味，观其色。如果有味道散发出来，大豆表面变成褐色，上面有一层白色的菌膜，那就是发酵好了。用勺子盛出一点看看，如果白色的菌膜越多，那就说明发酵地越好。